近两年来，GAP药材基地建设有了一定发展，但在建设中也暴露出一些问题，具体说来，目前基地建设运行中明显存在以下四大误区：
第一，重建设轻管理。GAP药材基地建设属于高标准、高投资、高回报的技术性系统产业工程，非一朝一夕、一哄而起所能建设起来的，而且其建设之始就需要高效率的管理、贯彻始终。目前我们的一些基地建设存在重建设、轻管理问题，在建设时能做到合理规划、坚持标准，一旦建成，后期管理便不尽如人意。比如药材品种的病虫病管理按标准应施什么，不应施什么，施多少量，何时最适宜，就缺乏指导和监督，这就不能保证农药残留量保持在国家规定的标准之下。
第二，重生产轻市场。GAP中药材基地建设的核心之点，就是必须与市场需求相结合，需要什么则种什么，不能单纯讲什么赚钱种什么，否则只能是“多了是草”，事倍功半，达不到基地建设的最终目的。现在一些基地只考虑建设生产，没有对市场做深入的调查、考察和研究，对生产什么、生产多少心中无数，或只是模仿重复、跟“风”。其结果是种植盲目，产品单一，使药农蒙受损失。各地药材基地应立足于当地品种资源优势，研究开发(种植)具有市场需求的合格品种，并根据市场需求来组织生产和销售，从而取得基地效益的最大化。
第三，重眼前轻长远。GAP基地建设的路是长期的，推行“大跃进”的方式既不现实，更不科学。目前在引进一些基地项目和种植技术的过程中，过分地追求所谓的“短、平、快”效应，只顾当前利益，而对一些见效慢、投入大、有风险、高效益的项目和品种不感兴趣，不认真地筹划和落实，是十分错误的。
第四，重展示轻效益。高产出、高质量、高效益是GAP中药材基地建设的一个重要特征，也是其根本所在。但一些地方的基地建设，却走上了“业绩示范”的错误轨道，如有些是政府部门靠行政命令打造起来的GAP基地，表面上轰轰烈烈，但根本不是经济管理的模式。只重展示，只讲业绩，不讲成本，不讲效益，这样的基地建设是没有任何价值的。
第一，重建设轻管理。GAP药材基地建设属于高标准、高投资、高回报的技术性系统产业工程，非一朝一夕、一哄而起所能建设起来的，而且其建设之始就需要高效率的管理、贯彻始终。目前我们的一些基地建设存在重建设、轻管理问题，在建设时能做到合理规划、坚持标准，一旦建成，后期管理便不尽如人意。比如药材品种的病虫病管理按标准应施什么，不应施什么，施多少量，何时最适宜，就缺乏指导和监督，这就不能保证农药残留量保持在国家规定的标准之下。
第二，重生产轻市场。GAP中药材基地建设的核心之点，就是必须与市场需求相结合，需要什么则种什么，不能单纯讲什么赚钱种什么，否则只能是“多了是草”，事倍功半，达不到基地建设的最终目的。现在一些基地只考虑建设生产，没有对市场做深入的调查、考察和研究，对生产什么、生产多少心中无数，或只是模仿重复、跟“风”。其结果是种植盲目，产品单一，使药农蒙受损失。各地药材基地应立足于当地品种资源优势，研究开发(种植)具有市场需求的合格品种，并根据市场需求来组织生产和销售，从而取得基地效益的最大化。
第三，重眼前轻长远。GAP基地建设的路是长期的，推行“大跃进”的方式既不现实，更不科学。目前在引进一些基地项目和种植技术的过程中，过分地追求所谓的“短、平、快”效应，只顾当前利益，而对一些见效慢、投入大、有风险、高效益的项目和品种不感兴趣，不认真地筹划和落实，是十分错误的。
第四，重展示轻效益。高产出、高质量、高效益是GAP中药材基地建设的一个重要特征，也是其根本所在。但一些地方的基地建设，却走上了“业绩示范”的错误轨道，如有些是政府部门靠行政命令打造起来的GAP基地，表面上轰轰烈烈，但根本不是经济管理的模式。只重展示，只讲业绩，不讲成本，不讲效益，这样的基地建设是没有任何价值的。