春秋战国时的“阴阳”概念有两种意义，其一是指两种基本的物质之气，春秋时期人们已认识到阴阳之气的正常与否关系到天象、气候、物侯等自然现象的正常与异常。战国时期的阴阳学说还着重阐述了阴阳二气的盈虚消长、升降出入的运动变化规律及其对季节、气候和物侯的支配性作用。
“阴阳”概念的另一种意义是指相互对立的两种基本属性，或属性相反的两类事物，或一个事物中属性相反的两个方面。如雌雄、上下、左右、南北、进退、动静、生杀、强弱、明暗、寒热等等，《易传》云：“一阴一阳之谓道”(高亨《周礼注疏》卷五·544页，齐鲁书社，1979)，即是对阴阳属性的表述。由于阴阳属性是相对的，故而在阴阳之中可以再分阴阳。《文子·微明》云：“阳中有阴，阴中又阳，万事尽然，不可胜明。”(《文子缵义》卷七，《二十二子》851，852页)，即表述了这一思想。《左传·昭公二十五年》云：“生其六气，用其五行，气为五味，发为五色，章为五声。”(《春秋左传正义》卷五十一)。这两段话中的五味、五色、五声、五节即是按五行将味、色、声、节各分为五种以入五行之类，五行学说中的一条基本原理——五行相胜理论在春秋时也已产生。如《左传·哀公九年》云：“水胜火”(《春秋左传正义》，卷五十八)。《左传·昭公三十二年》云：“火胜金”(《春秋左传正义》卷五十三)可以为证。
战国时期五行学说有进一步的发展，首先是提出了五行之所的概念。《吕氏春秋·应同》所载邹衍“五德终始”论中提到了“土气”、“木气”、“金气”、“火气”、“水气”，这便是五行之气的概念。从邹子的“五德终始”论中可以看出，五行之气与五行归类有着密切的关系：五行之气分别支配着相应的五类事物；五行之气也有五行相胜关系；五行之气按相胜之序递胜(旺盛)，由此引起自然和社会现象的变化。战国时期五行学说的另一个进展是明确了五行主时和五行方位的理论。
阴阳的概念在医学中应用较早。医和的六气病因论即有阴气和阳气。《史记·扁鹊仓公列传》所载扁鹊及虢中庶子之言中提到了“阳缓而阴急”(《史记》卷一百五，中华书局，1959)。“破阴绝阳”等语，既有表示属性的“阴阳”，也有表示物质之气的“阴阳”，表明在春秋时期阴阳的概念已用于分析人的生理和病因病理。《周礼·天官冢宰》医师章有以五味、五谷、五药养其病，以五气、五声、五色养其死生(《周礼注疏》卷五，见《十三经注疏》，666页)之语，这显然是运用五行概念来归类，以诊断疾病的指导疗养，所以五行概念应用于医学当在《周礼》成书之前。
《内经》中系统地总结了当时自然哲学的阴阳五行学说。例如《素问·阴阳离合论》云：“阴阳者，数之可十，推之可百；数之可千，推之可万；万之大，不可胜数，然其要一也。”(《黄帝内经素问》卷二)。发挥了阴阳属性的相对性及其无限可分性的思想。又如，先秦诸子著作对五行主时只论及五行所司季节和日期，而《内经》则进一步把五行主时落实到时辰，为建立和发展医学理论服务。
《内经》中的阴阳概念也包括物质之气，即阴气和阳气。基于天人相应的观念，《内经》认为人身阴阳二气与天地阴阳二气呈同步一致的消长变化，认为人身脉象的变化与四时阴阳消长相应。脉象是人体气血阴阳状况的表现。脉象应四时阴阳即意味着人身阴阳与天地四时阴阳相应。《素问·脉解篇》还根据一年中天地阴阳的消长升降规律及其变异来解释各月份人体易产主的病症，认为人身阴阳与天地阴阳的消长升降完全时应相符。阴阳二气失调，会导致疾病的产生。
《内经》中的五行概念也包括五行归类和五行之气两种意义，《素问》将人体脏腑组织器官和情志、病症等正常和异常的生命表现以及与人体有关的各种事物按五行进行了归类，其主要内容可归纳如下表(表3-2)：
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五行 |
五时 |
五方 |
五色 |
五音 |
五味 |
五脏 |
五腑 |
五官 |
五体 |
五邪 |
五畜 |
五谷 |
五志 |
五声 |
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木 |
春 |
东 |
青 |
角 |
酸 |
肝 |
胆 |
目 |
筋 |
风 |
鸡 |
麦 |
怒 |
呼 |
|
火 |
夏 |
南 |
赤 |
徵 |
苦 |
心 |
小肠 |
血 |
脉 |
热 |
羊 |
黍 |
喜 |
笑 |
|
土 |
长夏 |
中 |
黄 |
宫 |
甘 |
脾 |
胃 |
口 |
肉 |
湿 |
牛 |
稷 |
思 |
歌 |
|
金 |
秋 |
西 |
白 |
商 |
辛 |
肺 |
大肠 |
鼻 |
皮 |
燥 |
马 |
稻 |
忧 |
哭 |
|
水 |
冬 |
北 |
黑 |
羽 |
咸 |
肾 |
膀胱 |
耳阴 |
骨 |
寒 |
彘 |
豆 |
怒 |
呻 |
《内经》上述五行归类的理论意义在于运用五行学说来推求人体脏腑之间、脏腑与生命现象之间以及脏腑与体外事物之间的同类相区，五行相克和相生的关系，由此形成相应的生理、病因病理诊断和养生治疗理论。
《内经》的这一理论虽然失于机械，但它注意到了人体机能活动有时间节律性，这种节律与天地总体变比节律有统一性并影响到人体疾病的发生和变化，因此其思想是具有合理内容的。