医学起源是一个漫长的历史过程，受到众多因素的影响，过去的医史学家们对此提出了各自不同的见解，诸如医源于神、医源于圣、医源于巫、医源于动物本能、医源于人类之爱、医源于劳动等等，都各有所据，又各有所偏。医学的起源，不可能是单一因素作用所能解释圆满的，我们认为只能是诸种因素综合参与不断发展的结果。
一、本能与医学
医学源于动物本能，西方一些著名医学史家大都持这一看法。中国学者在千年前已有这一论述。唐一书《朝野佥载》中说：“医书言虎中药箭，食清泥；野猪中药箭，逐荠苨而食；雉被鹰伤，以地黄叶帖之……；鸟兽虫物，犹知解毒，何况人乎”？(唐，《朝野佥载》第7页，丛书集成本)
动物在其生活中，具有克服痛苦、保护生命的本能，从而产生某些自疗行为，无论这些行为是与生俱来的，还是后天习得的，都是无庸怀疑的事实。人和动物一样，有求生和保护生命的本能。他们遇到疾病和意外创伤，自觉或不自觉地去探求解除痛苦、恢复健康的方法，也是必然的。
但要看到，原始人类和动物仍然有着本质的差别。原始人类尽管与动物同样具有保护生命的本能，却是在原始思维指导下进行的，他们可以观察、思索，把原始的经验积累起来，从偶然的事物中发现事物的某些联系。由于无意识的动物本能过渡到有意识的人类原如医疗经验的积累，才能有真正的医学起源。可以说医学源于本能，又高出本能，不把本能的医疗保护行为转化为自觉的经验积累，便不会有医学产生。
二、实践与医学
本世纪五十年代以来，中国医史学界，提出了“劳动创造医学”的论点，成为当时普遍认同的观点。
劳动在人类起源和发展过程中具有巨大作用，正是由于劳动，人们才逐步获得了可用于治疗的砭石、骨针等，认识到药用植物、动物和矿物的性能，才获得更多的医疗经验。在某种意义上可以说，劳动创造了医学。
但强调医源于劳动，不应把它绝对化，也不应把劳动局限为生产劳动，更不应勿视其它因素在医学起源和发展过程中的作用。
三、医源于圣人的创造
医源于圣的说法，在中国历史上有着广阔的市场。燧人钻木取火，伏羲画八卦阐明百病之理，神农尝百草，黄帝作《内经》阐发医理，是人所共和的。医源于圣当然是一种夸大，把原始人类经过长期经验积累形成的医学知识，归结为少数几个无所不知全能圣人的创造，甚至夸大为医源于神，这是不符合历史事实的。
如果剥去这些传说的神话外衣，探求其合理内核，这些传说仍有着丰富的历史内涵，为我们了解医学起源提供某些有益的根据。中国历史学家范文澜先生指出：“古书凡记载大发明，都称为圣人。所谓某氏某人，实际上是说某些发明，正表示人类进化的某些阶段。”(范文澜：中国通史简编，第一编)。这是很恰当的。我国古代传说中关于燧人氏、伏羲氏、神农氏及黄帝等圣人创造医学的故事，实际上反映上古不同氏族集团群体和疾病斗争的实践中对医药经验的积累和贡献，神农、黄帝等不过是这些氏族群体的代名词,表示着医学发展有不同阶段。
医源于圣包含的另一个内容，是肯定医药领域中一些杰出人物在医学发展中起着较大的作用，在医药经验积累过程中，不仅各个氏族集团是不平衡的，一个氏族集团内部不同的人所起的作用也各有不同。一些比较留心医药而又具有创造才能的人，他们善于总结经验，能探寻出更有效的药物和更好的治疗措施，因而在推动医药发展中起着更突出的作用，却是完全符合历史实际的。
四、思维、巫术与医学
只有零散的医疗活动和片断的医药卫生知识，还不能构成系统的医学体系，要形成完整的医学，必须发挥思维，进行哪怕是初步或陋谬的理论探索，思维活动的逐渐成熟是医学发展成为系统知识的必要条件。
在原始思维那里，由于对自然力量的不了解和恐惧，对一切事物都充满了神秘感觉，认为存在着一种支配世界的超自然力量，成为巫术发展的基础，神秘感导致人群对天地、对山石草木动物等一切自然物的崇拜，对生殖的崇拜，进而发展为图腾崇拜、祖先崇拜和鬼神崇拜，并由此形成了巫术和发展而来的原始宗教。
巫术逐步巩固下来，有了一定的组织形式和仪式，出现了专职人员。在当时，巫师成为代表着具有知识和思维能力的阶层。巫的产生是在原始社会晚期，后于医药卫生经验积累。巫师出现后，又往往承担着治病的职能，他们在治疗疾病时，有时施行巫术，有时也用医药技术，其中有的巫师更偏重于医。《山海经·大荒西经》说：“有灵山：十巫从此升降，百药爰在”。《海内西经》说：“巫彭、……皆操不死之药以距之”。但如果由于巫医之间存在着联系，就断定医学起源于巫，这是不真实的。
巫主要是充当人与鬼神交通媒介的，是原始的宗教，是神学，在本质上是与作为科学的医学尖锐冲突的。医学越发展，医与巫之间的斗争就越尖锐，巫术就更成为医学发展的桎梏。公元前五世纪，中国医学家提出的“信巫不信医”作为六不治的一种，《黄帝内经·素问》中所说，“拘于鬼神者不可与言至德”。都是医学摆脱巫术，确立自身价值的标志。
总之，医学起源是一个漫长而又曲折复杂的过程，疾病的危害与人类最初存在的保护自己、消除病痛的本能给予医学发生以最初的动力，但人一开始就在思维支配下活动的，他们能够把同疾病作斗争的经验积累起来，传递给后代，与动物单纯求生的本能有着质的差别。动物的本能永远不能使其卫生反射成长为医学。生产劳动及广泛的生活实践，深化着人们的认识，也深化着人们与疾病作斗争的经验，使人们不但更深入地认识疾病，而且提供了医用器具及丰富的药物知识，使人们得以更好地积累医学经验。人类同疾病作斗争的需求及有意识的积累和传播医学知识，是医学起源的真正源头，在这一过程中，一些留心医学，善于总结医学经验，具有创造才能的优秀人物，发挥着更大的作用。巫可能是脱离生产劳动，从事祭祀与文化事务的专职人员，他们在当时固然从事着神秘的宗教事务。其中一部分却利用他们的条件，在带有神秘色彩的思维指引下，对医学知识作了比较系统的总结，并逐渐使医学成为一种专门职业。医学从巫术出现时就开始了同它的斗争，并逐渐冲破它的羁绊，确立了自己的独立地位，走上发展的康庄大道。