一、始创检疫的历史背景
早在1684年清康熙开放海禁的次年，清政府己在沿海分设粤海关、闽海关、浙海关和江海关，代替唐宋以来的市舶司，管理对外贸易征税事宜。1842年中英南京条约签定后，我国被迫开放五口通商，随后每种不平等条约的签订，都要开放一些通商口岸。
随着通商口岸的不断开放，对外贸易与商船来往也日益频繁。此时，东西方由于海陆交通的发达，鼠疫、霍乱等烈性传染病一次又一次形成世界性流行。为了防止这些传染病借着交通线路蔓延传播，欧洲一些国家包括其所属的东方殖民地，已创始检疫并逐步完善其措施。当1873年印度、暹罗(泰国)、马来亚、印尼等霍乱流行并向海外广泛传播时，上海与厦门先后制定检疫章程，开始实施海港检疫，由海关兼办，委派医官对疫区来船实施检查与卫生处理。而汕头也在1883年菲律宾霍乱流行时开始检疫。除上述沪、厦、汕外，其他开放口岸，当疫区来船上有病人时，同样由海关派医官上船查验，如天津(塘沽)、北海、海口、温州等。有的也委派教会医院(如宁波由华美医院，福州由马江圣教会医院)的医生兼任。
1894年南美鼠疫大流行时，以香港、广州为中心，在闽粤沿海传播蔓延，南北波及桂、赣、浙以至上海，并有继续北上的严重威胁，为此沿海各口岸纷纷制定检疫章程，加强船舶检疫。由于这一时期，大部分通商口岸实施检疫多由海关兼办，委派医官上船查验与卫生处理，故称为海关检疫时期。
二、制定检疫章程与实施疫船处理
为使疫港来船实施检疫时有法可依，上海于1873年7月21日仿效西欧一些国家商订的卫生条约，初拟检疫章程4条，次年又经修改为8条。1925年上海又修订新的检疫章程。厦门、汕头、广州等口岸也相继制定了防疫章程。
从沪、厦、汕等港口早期的检疫章程可以看出，除了检疫措施与西欧国家类同外，对哪些疫港来船应实施检疫，需要得到领事团的认可，中国当局无权决定，违反检疫规定必须送所属各国领事查办，中国当局无权处理，说明在帝国主义操纵下的海关兼办的检疫事业，同样体现了其殖民地性质。
三、移民检疫
在旧中国，人民生活极端贫困和痛苦，居住在沿海的农民不少移民到南洋群岛当苦力，尤以闽粤两省最多，厦门和汕头同为当时移民出口中心。早期出洋多以大帆船为交通工具，1866年后始有轮船载运华侨至东南亚各地，每年多达几十万人。帝国主义对这些华侨在抵达其殖民地时，常常利用检疫措施，百般凌辱歧视，因此出发港的检疫工作要完全适应于对方口岸的苛刻要求，成为帝国主义欺压中国移民的一种特殊方式。
四、海港检疫管理处成立
1930年7月1日在上海成立的全国海港检疫管理处，逐步收回全国海港检疫工作与成立检疫机构，统一全国卫生检疫事宜。首先接办上海海港检疫与蒸熏轮船事务，设立吴淞检疫分站，接管吴淞防疫医院，建立海港检疫医院。1931年1月开始先后收回厦门、汕头、营口与汉口(长江)的检疫权，1932年又陆续收回安东(丹东)、营口、天津、秦皇岛、大沽等地的检疫权并成立相应的检疫所，从而结束了中国海港检疫由海关或其他港务、警务以及地方卫生部门兼办，各自为政，条规不一，业务混乱的局面。
“海港检疫管理处”于1930年公布全国第一个《海港检疫章程》，规定鼠疫、霍乱、天花、斑疹伤寒与回归热为检疫传染病。同年10月又公布“海港检疫管理处章程”。各检疫所每年均有工作报告上报，连同历年学术论文，由管理处汇集编写中英文《海港检疫管理处报告书》第1～7册(1931～1937年)。
1930～1932年上海霍乱大流行，当时海港检疫处成立伊始，卫生部在上海召开预防霍乱会议，成立“防御霍乱事务所”于该处，由伍连德主其事。除霍乱外，鼠疫也是当时中国猖獗流行的检疫传染病。管理处对各港口的鼠蚤研究，拟定统一的计划，自1931年开始，在上海、厦门、广州、汉口、塘沽分别开展调查，积累了我国早期有关检疫的宝贵材料。上海、厦门、广州与各地海港检疫所，当天花、鼠疫、霍乱等在当地流行时，检疫病院均积极隔离收治病人。
五、战争时期的卫生检疫
抗战时期，沿海港口相继沦陷，各检疫所多由日伪接管，仍归海关兼办，由日方派人负责。国民党政府西迁重庆后，曾设汉宜渝检疫所(合并汉口与宜昌检疫所)与滇边检疫所〔合并蒙自、腾冲、浣町检疫所)。抗战胜利后，国民党政府接收各地政权，1945年10月卫生署收回上海海港检疫所后，同时通令各地卫生局从海关收回东北和沿海各检疫所，并增设青岛、海口、福州、台湾和长江检疫所。台湾省1945年回归中国后，1946年成立台湾检疫总所，设基隆、高雄等海港检疫所、检疫分所以及松山航空检疫所等共17个。1946～1947年由于各主要港口均开展空运业务，又相继实施航空检疫。为防止陆路交通传播天花、霍乱、鼠疫等疫病。各地检疫所也在相应的铁路、公路、内河等交通线上设置检疫站。