由于近代对疾病的认识不断深入，新的经验不断丰富，治疗方法渐趋多样化，作为辨证论治的主要工具的方剂学也随之而得到了进一步的发展。主要表现在对方剂学理论研究的不断深化，大型方书的继续整理和编纂单方、验方、秘方的汇编整理工作更为突出。不少医家在努力探索中医学发展的同时，吸收了一些近代西医药学的知识，编写出一些汇集中西医的验方著作，从方剂学方面为中西医的汇通做了初步尝试。
这一时期方剂学研究的特点是由博返约，向理论研究深化。较有代表性的著作如下：
1、费伯雄《医方论》
费伯雄著于1865年，费氏针对《医方集解》所载方药详加评论，从中反映出费氏在方剂学理论研究方面的见解和成就。作者强调辨证论治，反对滥用方药。他的评述对后世深入学习方剂理论，正确掌握制方之法及临床用途，具有较高价值。
2、蒋方芳《时方论》
该方不仅是一部简明实用的教本，也是当时较好的方论著作《时方论》以阐述主理的主要内容，所列87方(例案)，方论紧密结合，论述简明透彻。
近百年来，不少医家长期致力于整理编纂古今方书，取得较突出的成就，较早的有文晟辑《医方十种汇编》。
在此之后，出现了多种大部头的总结性方书，如曹绳彦《古今名医万方类编》、吴克潜《古今医方集成》、察随仙《中国医药汇海·方剂部》等等，并有一些沟通中西医的著作。
这一时期，单方、秘方、验方的收集取得较突出的成就，据不完全统计，先后编纂刊印的各种方书约达300种，其中有一些流传较广和有特色的著作。
1、鲍相璈《验方新编》
于1846年仲春汇编成。全书约92门(部)，各病症下附有单方、验方，共收3240余万。以价廉，易得，有效为原则，力求方药稳妥。
2、王士雄《四科简效方》
王士雄一向重视收集单方、验方，18454年辑《四科简效方》便于穷乡僻壤，无医少药之地查用；此外尚有龚自家等《医方易简新编》；黄伯垂《经验良方大全》；杨馥焦、潘之伟《经验秘方》李克蕙《验方辑要》等。
此期还有不少汇通方书，如丁福保《中西医方会通》，陈继武《中西验方新编》以及唐川《六经方证中西通解》等。