病毒进化的速度
关于此项研究一个重要问题就是病毒的进化速度是否是恒定的。最近两个丹麦的科学家提出了一些有价值的观点。
关于病毒的进化，有一种假说认为其以恒定的速度进行，叫做分子钟。这个种具有内在的速度，不受外界压力改变。因此，可以根据病毒基因序列的变化程度，推算出其起源。
而对病毒基因序列统计学上的分析却表明，病毒的突变率随着选择性压力的改变而变化。Schierup and Hein对此做出了解释，病毒突变率的改变是忽略了病毒重组而造成的假象。
作者用计算机模拟了一个1kb的病毒序列的进化。对其模拟计算发现在重组率很少的进化分支上，分子钟模型成立，而另一个分子钟模型不成立的分支中重组率相当高，在去除了重组率的影响后，分子钟模型依然成立。
以前根据多态性分析，HIV1起源于1959年，现在看来关于重组率的考虑必须被计算在内了。
相关文章：
ORIGINAL RESEARCH PAPER
Schierup , M. H. & Hein, J. Recombination and the molecular clock. Mol. Biol. Evol. 17,1578–1579 (2000) [Contents page] PubMed
FURTHER READING
Huelsenbeck , J. P. &
Rannala, B. Phylogenetic methods come of age: Testing hypotheses in a
phylogenetic context. Science 276, 227 –232 (1997) PubMed
Schierup, M. H. & Hein, J. Consequences of recombination on traditional phylogenetic analysis.
Genetics 156, 879–891 (2000) [ Abstract] PubMed, 百拇医药
关于病毒的进化，有一种假说认为其以恒定的速度进行，叫做分子钟。这个种具有内在的速度，不受外界压力改变。因此，可以根据病毒基因序列的变化程度，推算出其起源。
而对病毒基因序列统计学上的分析却表明，病毒的突变率随着选择性压力的改变而变化。Schierup and Hein对此做出了解释，病毒突变率的改变是忽略了病毒重组而造成的假象。
作者用计算机模拟了一个1kb的病毒序列的进化。对其模拟计算发现在重组率很少的进化分支上，分子钟模型成立，而另一个分子钟模型不成立的分支中重组率相当高，在去除了重组率的影响后，分子钟模型依然成立。
以前根据多态性分析，HIV1起源于1959年，现在看来关于重组率的考虑必须被计算在内了。
相关文章：
ORIGINAL RESEARCH PAPER
Schierup , M. H. & Hein, J. Recombination and the molecular clock. Mol. Biol. Evol. 17,1578–1579 (2000) [Contents page] PubMed
FURTHER READING
Huelsenbeck , J. P. &
Rannala, B. Phylogenetic methods come of age: Testing hypotheses in a
phylogenetic context. Science 276, 227 –232 (1997) PubMed
Schierup, M. H. & Hein, J. Consequences of recombination on traditional phylogenetic analysis.
Genetics 156, 879–891 (2000) [ Abstract] PubMed, 百拇医药