宋代理学带来了当时社会文化和科技全面的进步，是中国古代自然科学与人文科学汇流的结晶，对中医药学发展的启迪和推动发挥了重要作用。它不仅是联系中医界与文化界的纽带，还可能为中医药学方法论的创新带来生机。

    朱熹是南宋著名的理学家、哲学家、教育家、理气派的领军人物，主张“太极动静”和“理一分殊”。其关于宇宙、天文、气象的自然论、太极动静的学说、从物到理的认知过程、有关情性、形神、魂魄的理论探索，对中医学术思想产生了重要的影响。从理学到医学的这种影响，是直接通过朱熹的再传弟子朱丹溪实现的，而朱丹溪同时又承河间学派的正传(刘河间传荆山浮屠，荆山传罗知悌，罗授朱丹溪)，终成一家之言；由其所创立的丹溪学派(又称滋阴派)从古至今、由中到外(如日本的丹溪学社)辐射至整个中医药的学术思想。

    对于《黄帝内经》，宋代理学家们非常重视，邵雍把它与道家的经典《阴符经》并列。程颢认为：“《素问》书，出战国末，气象可见。”朱熹对此更为关切，在《朱子全书·古史余论》中说：“至于战国之时，方术之士，遂笔之于书，以相传授，如列子之所引，与夫《素问》、《握奇》之属，盖必有粗得其遗言之彷佛者 ......