脑作为元神之府，同脏腑一样，也会因六淫七情等内外因素致病。但在以五脏为中心的理论系统中，脑是隶属于脏腑的。元神虽发自脑府，其作用则体现于脏腑百骸，故其为病亦从脏腑论治。李时珍对脑病的治疗与用药体现了这一精神。

    从肾论治用药

    《本经》载：“胡麻填脑髓，久服轻身不老。”(《本草纲目·卷二十二·胡麻》。下凡引此书，只记卷数)李时珍认为此乃“取其黑色入通于肾，而能润燥也。”《参同契》亦云“巨胜可延年，还丹入口中”。因胡麻能益精滋肾，故有填髓补脑健神抗老的作用，此即道家说巨胜(胡麻)可以延年的道理所在。完全摒弃了道家神秘的外衣，而揭示其科学的内涵。从对胡麻填髓脑机理的分析，可见李时珍是从肾生髓主脑的脏象理论来理解的。肾生髓属阴，脑者，阴也。故清·何西池说：“在下为肾，在上为脑，虚则皆虚。” (《医碥》第1版，上海科学技术出版社)是以滋肾填精之品，则亦能补脑髓之亏损。

    冉雪峰《中风临证效方选注》尝谓“脑无补法，此则居然生出补法来。”此之谓也。

    从脾论治用药

    《本经》载：辛夷能治“寒热头风脑病……明目，增年益老。”李时珍说：“辛夷之辛温走气而入肺，其体轻浮，能助胃中清阳上行通于天，所以能温中治头目面鼻九窍之病。”(卷三十四·辛夷)按此论不谓辛夷之味辛走散祛邪，而取其质地轻浮，能温中助脾胃清阳之气上行达脑，治疗因中州清阳下陷，脑失所养，则元神失其调节内脏官窍的机能，故头为之倾 ......