疾病防治与基因组测序(2)
另一方面，建立全球微生物基因组库和进行微生物的基因组测序还有技术标准的统一与兼容问题。例如，目前海地正在流行霍乱，研究人员搜集了海地病人身上的霍乱弧菌送到美国的几家实验室进行基因组测序，结果证明，传染源来自尼泊尔的联合国维和部队士兵。但是，美国北亚利桑那大学的凯姆也对24种尼泊尔霍乱菌株进行了基因组测序，结果却不能与美国哈佛大学研究组对海地霍乱菌株进行的测序相对比，因为他们使用的是不同的测序机，这也造成了原始资料的不匹配。因此，全球必须尽快建立一致的标准。如果标准不一样，对病原体的比较结果就可能不同，也就不能找到真正的病因和有效的治疗方法。
微生物基因组测序在防治流行病中的最大优点是快速，因此，需要研发更快的测序技术。在德国发生溶血性尿毒综合征后对病原菌测序时，中国研究人员采用了第三代测序仪Ion Torrent，其特点是产生数据速度快。第二代测试仪获得数据大概需要一周左右，但第三代只需要几个小时。正因为如此，华大基因研究院比同样进行基因组测序的德国明斯特大学医院卫生研究所还早半天就测出了0104：H4型菌株的基因组。
不过，基因组流行病学要取得实际效果还必须让临床医护人员参与进来。如果没有临床医护人员的参与，就不可能获得病原体的样本，也不可能对病原体进行基因组测序。例如，尽管研究人员对海地霍乱的菌株进行了基因组测序，但是，提取流行菌株却相当耗时，对尼泊尔士兵携带的霍乱弧菌的采样花费了几个月的时间。这也意味着对临床医护人员培训生物技术相当重要。因此，丹麦技术大学基因组流行病学中心主任奥勒斯楚普等人认为，应当建立一种系统，以便让临床医生能很容易地报告病原菌，包括病原菌的毒力因子、可选用的抗生素和其他相似的分离病原体的方法。这些技术操作应当作为一种指南，即“生物信息学傻瓜书”，提供给临床医护人员。
丹麦政府已拨款600万欧元给丹麦技术大学基因组流行病学中心和其他机构，以建立一个数据分享平台，现在这个数据库已经能提供多种病原体的信息。而且，这一平台将来还能向临床医生提供选择使用适宜抗生素和药物的指南。这也意味着，基因组流行病学需要信息技术作为其有力的技术支持。
只要能解决这些问题并接受这些挑战，基因组流行病学在今天和未来就有更为广阔的前景。研究人员不仅可以对导致目前疾病的病原菌进行基因组测序，而且可以将其与历史上出现的同类病原菌予以对比，以发现其毒性、致病性、对药物的敏感性，从而帮助医生找到更好和更快的治疗方法，造福于病患者和全社会。
[责任编辑]张田勘, 百拇医药(王晓冰)
微生物基因组测序在防治流行病中的最大优点是快速，因此，需要研发更快的测序技术。在德国发生溶血性尿毒综合征后对病原菌测序时，中国研究人员采用了第三代测序仪Ion Torrent，其特点是产生数据速度快。第二代测试仪获得数据大概需要一周左右，但第三代只需要几个小时。正因为如此，华大基因研究院比同样进行基因组测序的德国明斯特大学医院卫生研究所还早半天就测出了0104：H4型菌株的基因组。
不过，基因组流行病学要取得实际效果还必须让临床医护人员参与进来。如果没有临床医护人员的参与，就不可能获得病原体的样本，也不可能对病原体进行基因组测序。例如，尽管研究人员对海地霍乱的菌株进行了基因组测序，但是，提取流行菌株却相当耗时，对尼泊尔士兵携带的霍乱弧菌的采样花费了几个月的时间。这也意味着对临床医护人员培训生物技术相当重要。因此，丹麦技术大学基因组流行病学中心主任奥勒斯楚普等人认为，应当建立一种系统，以便让临床医生能很容易地报告病原菌，包括病原菌的毒力因子、可选用的抗生素和其他相似的分离病原体的方法。这些技术操作应当作为一种指南，即“生物信息学傻瓜书”，提供给临床医护人员。
丹麦政府已拨款600万欧元给丹麦技术大学基因组流行病学中心和其他机构，以建立一个数据分享平台，现在这个数据库已经能提供多种病原体的信息。而且，这一平台将来还能向临床医生提供选择使用适宜抗生素和药物的指南。这也意味着，基因组流行病学需要信息技术作为其有力的技术支持。
只要能解决这些问题并接受这些挑战，基因组流行病学在今天和未来就有更为广阔的前景。研究人员不仅可以对导致目前疾病的病原菌进行基因组测序，而且可以将其与历史上出现的同类病原菌予以对比，以发现其毒性、致病性、对药物的敏感性，从而帮助医生找到更好和更快的治疗方法，造福于病患者和全社会。
[责任编辑]张田勘, 百拇医药(王晓冰)