基因治疗进展的文献计量学研究
基因治疗进展的文献计量学研究
交通部南通医学院医学信息学教研室(226001)
董建成 周沂 申飞驹
摘 要 应用文献计量学方法分析1988～1997年间42个国家发表的4783篇基因治疗研究文献的动态变化。10年来的基因治疗研究文献呈快速增长趋势，英文文献占全部基因治疗文献的87.87%，美国和英国是当前世界上发表基因治疗研究文献最多的国家；占被索文献总量40.34%的23种期刊被初步确定为基因治疗研究的核心期刊；基因治疗方法学和发展趋势是当前基因治疗研究的主要内容，其治疗方法与传统药物治疗的区别正在缩小，在确保载体进入特定的细胞类型方面已经取得了相当的进展，但是，导入人体的目的基因表达水平低和获得长期表达效果难的问题仍是影响治疗效果、限制基因治疗临床应用的关键。基因治疗作为一种治疗方法，离大规模应用还有相当长的距离，加强基础研究，注重协作攻关，已成为众多基因治疗专家的共识。
, 百拇医药
关键词：医学信息学 文献计量学 MEDLINE 基因治疗
基因治疗(GeneTherapy)是指将遗传物质导入载体或受体细胞，通过替代缺陷基因，修正错误基因，对抗异常基因，调节基因产物的表达等方式以实现治疗疾病目的的一种治疗方法。从80年代末至今，以基因疗法治疗人类疾病已从学术讨论和基础研究步入了临床试验阶段。随着人类基因谱的逐步阐明和基因工程技术的充分发展以及人类对疾病发生、发展等生物学特性的分子机制的进一步了解，基因治疗很可能为医疗领域带来一场新的革命〔1～3〕。因此，研究基因治疗的发展状况，寻求某些规律性，对于明确基因治疗研究的方向，避免重复国外已证明无效的基因治疗方法，加速我国基因治疗技术的发展具有重要意义，同时亦可为开展国际交流，提高学术水平提供科学依据。
1 材料和方法
1.1 材料
, 百拇医药
1.1.1 MEDLINE光盘：选用美国SilverPlatter公司生产的MEDLINE光盘，共存取有86个国家和地区39种文字的主要生物医学文献。
1.1.2 检索装置：主要包括①NECVERSA6200MX电子计算机；②美国WinSPIRS2.1光盘数据库检索软件。
1.2 方法
利用MEDLINE光盘检索系统中医学主题词表(MeSH)的标准主题词检索基因治疗(GeneTherapy)的全部文献，按年代分为10组。在各组文献中，应用逻辑运算元进行主题、副主题检索，获得基因治疗各研究领域的不同文献；再采用位置运算元获取基因治疗文献的不同类型、语种和出版国家。所有检索结果均输入FoxPro数据库，分别从各国文献的不同方面进行计量和主题分析〔4，5〕。
2 结果
, http://www.100md.com
1988至1997年被MEDLINE系统收录的生物医学文献共3786814篇，其中有关基因治疗的文献4873篇，逐年的变化情况见附图。这在一定程度上反映了全世界基因治疗的文献量。全部的基因治疗文献分别来自42个国家和地区、19种文字的不同研究领域(见表1，表2)。
附图1988～1997年基因治疗文献数量的变化
表1 基因治疗文献的语种分布
表2 基因治疗各研究领域文献量
, http://www.100md.com
根据不同刊物发表基因治疗文献量的不同，作者在系统中对23种重要的与基因治疗相关的期刊进行了排序(见表3)。
表3 基因治疗核心期刊表
讨论要对十年来全世界基因治疗的发展趋势作出总的结论是困难的，因为对大量数据资料的解释存在着多种变化因素。然而，科学论文作为某一学科学术动态的实际反映，基因治疗的过去、现在和将来常可从科学论文中得到反映和启迪。
3.1 从基因治疗研究的内容看，涉及其方法、应用和标准方面的文献已近1/3，学科发展趋势研究的文献占文献总量的4.43%，前者已成为基因治疗研究的主要内容。其特点有三：①由于近年来研究工作的进展，基因治疗的概念有所扩展，其治疗对象不再限于遗传性疾病，在肿瘤、心血管疾病以及一些传染性疾病的治疗当中已引入基因治疗的方法；而且从技术上说，基因治疗与传统的药物治疗方法的区别也缩小了，如人们已经证实：可以象一般的药物一样，把DNA直接注射到动物的肌肉中，在肌肉中直接表达注射进去的目的基因〔6～10〕；②在体内表达人们所希望表达的目的基因是基因治疗的主要目的，目前研究最多、也最为成熟的基因治疗的技术路线是在体外向靶细胞转移目的基因，确认目的基因按要求表达后，把改造过的靶细胞种植到机体内，在体内表达目的基因〔8，9〕；③向靶细胞内转移目的基因的方法很多，其中以逆转录病毒载体介导的基因转移效率最高，能够稳定整合到靶细胞基因组中，可以有效地表达目的基因，是目前基因治疗中最常用的靶细胞内转移目的基因的方法并已成功地用于临床试验〔6，8～10〕；④在确保载体进入特定的细胞类型方面已经取得了相当的进展，但是，在建立能够有效地把其遗传有效负载插入靶细胞的传递遗传单位方面或躲过病人的免疫系统和其他防御系统而持久到足以到达它们的目的地方面，都不太成功，致使导入人体的目的基因表达水平低和获得长期表达效果难，极大地影响了治疗效果，限制了基因治疗的临床应用〔10，11〕；⑤现在是基因治疗回到基础研究上来的时候了，这是国际上众多这方面专家的共识，尽管基因治疗已经取得了一定的成绩，但作为一种治疗方法，基因治疗离大规模应用还有相当长的距离〔11～13〕。
, 百拇医药
3.2 从基因治疗文献的文种上看，英文文献占87.87%，其他文种的文献仅占文献总量的12.13%。从出版基因治疗文献的国别看，美国出版的基因治疗文献有2605篇，占第一位，英国和德国分别为1041篇和213篇，日本210篇，荷兰160篇，法国126篇。中国有51篇论文被收入MEDLINE检索系统，名列第8位。这种现象充分表明了英美等发达国家在基因治疗研究领域的优势，我国基因治疗的研究不论在深度或广度上与发达国家相比尚存在差距。
3.3 MEDLINE1988～1997年共收录基因治疗文献4873篇，索及期刊960种，其中1966篇文献分布在23种重要期刊中，占被索基因治疗文献总量的40.34%。23种重要期刊中，英文期刊21种，被索文献1881篇，占23种重要期刊被索文献总量的95.68%。其中美国出版的期刊14种、英国6种、日本2种、德国1种。以上表明，英文是基因治疗文献的最主要文种，美国和英国是当前世界上发表有关基因治疗研究文献最多的国家〔8〕。
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3.4 与国外相比，我国基因治疗研究存在的主要问题是：①我国基因治疗研究的整体水平与先进国家相比尚有较大差距，资金问题一直是首当其冲的问题；②基础研究薄弱，过分强调其临床应用价值，不少研究单位在条件不成熟时也走向临床，存在一定的基因治疗过热现象，引起了一些科学家的忧虑；③有限的人才过于分散，缺乏有效的组织协调，协作攻关课题少，像复旦大学-新黄浦集团联合研究的团队太少，难以形成高水平的选题；④有针对性的国际合作少，具有我国特色的研究项目少〔14，15〕。这对我国从事基因治疗研究和管理的人员来说，应当予以重视，对其研究的投入要非常谨慎，重视其科学性，让国家有限的科研资金更好地发挥作用。
当前，随着我国科学技术的日益发展，大力开展我国基因治疗研究的条件已经基本具备。我们要充分利用当前有利时机，以国外先进的技术和研究动向为借鉴，正确处理近期发展和长远发展、基础研究与应用研究的关系。我国是世界上少有的“基因资源大国”，要结合国内生物医学科学发展的特点及其基础设施的实际情况，注意随时获取最新信息，及时掌握先进国家基因治疗研究的发展动态，吸取国外基因治疗研究中的新理论、新技术和新方法，充分发挥我国自己基因资源的优势，积极开展适合我国国情的基础和临床上不同层次的研究，树立系统观念，加强横向联合和内外交流，协作攻关，力争在不长的时间内，解决几个基因治疗研究方面的重大课题，这无疑是一难得的机遇与挑战。
参考文献(略), http://www.100md.com
交通部南通医学院医学信息学教研室(226001)
董建成 周沂 申飞驹
摘 要 应用文献计量学方法分析1988～1997年间42个国家发表的4783篇基因治疗研究文献的动态变化。10年来的基因治疗研究文献呈快速增长趋势，英文文献占全部基因治疗文献的87.87%，美国和英国是当前世界上发表基因治疗研究文献最多的国家；占被索文献总量40.34%的23种期刊被初步确定为基因治疗研究的核心期刊；基因治疗方法学和发展趋势是当前基因治疗研究的主要内容，其治疗方法与传统药物治疗的区别正在缩小，在确保载体进入特定的细胞类型方面已经取得了相当的进展，但是，导入人体的目的基因表达水平低和获得长期表达效果难的问题仍是影响治疗效果、限制基因治疗临床应用的关键。基因治疗作为一种治疗方法，离大规模应用还有相当长的距离，加强基础研究，注重协作攻关，已成为众多基因治疗专家的共识。
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关键词：医学信息学 文献计量学 MEDLINE 基因治疗
基因治疗(GeneTherapy)是指将遗传物质导入载体或受体细胞，通过替代缺陷基因，修正错误基因，对抗异常基因，调节基因产物的表达等方式以实现治疗疾病目的的一种治疗方法。从80年代末至今，以基因疗法治疗人类疾病已从学术讨论和基础研究步入了临床试验阶段。随着人类基因谱的逐步阐明和基因工程技术的充分发展以及人类对疾病发生、发展等生物学特性的分子机制的进一步了解，基因治疗很可能为医疗领域带来一场新的革命〔1～3〕。因此，研究基因治疗的发展状况，寻求某些规律性，对于明确基因治疗研究的方向，避免重复国外已证明无效的基因治疗方法，加速我国基因治疗技术的发展具有重要意义，同时亦可为开展国际交流，提高学术水平提供科学依据。
1 材料和方法
1.1 材料
, 百拇医药
1.1.1 MEDLINE光盘：选用美国SilverPlatter公司生产的MEDLINE光盘，共存取有86个国家和地区39种文字的主要生物医学文献。
1.1.2 检索装置：主要包括①NECVERSA6200MX电子计算机；②美国WinSPIRS2.1光盘数据库检索软件。
1.2 方法
利用MEDLINE光盘检索系统中医学主题词表(MeSH)的标准主题词检索基因治疗(GeneTherapy)的全部文献，按年代分为10组。在各组文献中，应用逻辑运算元进行主题、副主题检索，获得基因治疗各研究领域的不同文献；再采用位置运算元获取基因治疗文献的不同类型、语种和出版国家。所有检索结果均输入FoxPro数据库，分别从各国文献的不同方面进行计量和主题分析〔4，5〕。
2 结果
, http://www.100md.com
1988至1997年被MEDLINE系统收录的生物医学文献共3786814篇，其中有关基因治疗的文献4873篇，逐年的变化情况见附图。这在一定程度上反映了全世界基因治疗的文献量。全部的基因治疗文献分别来自42个国家和地区、19种文字的不同研究领域(见表1，表2)。
附图1988～1997年基因治疗文献数量的变化
表1 基因治疗文献的语种分布
表2 基因治疗各研究领域文献量
, http://www.100md.com
根据不同刊物发表基因治疗文献量的不同，作者在系统中对23种重要的与基因治疗相关的期刊进行了排序(见表3)。
表3 基因治疗核心期刊表
讨论要对十年来全世界基因治疗的发展趋势作出总的结论是困难的，因为对大量数据资料的解释存在着多种变化因素。然而，科学论文作为某一学科学术动态的实际反映，基因治疗的过去、现在和将来常可从科学论文中得到反映和启迪。
3.1 从基因治疗研究的内容看，涉及其方法、应用和标准方面的文献已近1/3，学科发展趋势研究的文献占文献总量的4.43%，前者已成为基因治疗研究的主要内容。其特点有三：①由于近年来研究工作的进展，基因治疗的概念有所扩展，其治疗对象不再限于遗传性疾病，在肿瘤、心血管疾病以及一些传染性疾病的治疗当中已引入基因治疗的方法；而且从技术上说，基因治疗与传统的药物治疗方法的区别也缩小了，如人们已经证实：可以象一般的药物一样，把DNA直接注射到动物的肌肉中，在肌肉中直接表达注射进去的目的基因〔6～10〕；②在体内表达人们所希望表达的目的基因是基因治疗的主要目的，目前研究最多、也最为成熟的基因治疗的技术路线是在体外向靶细胞转移目的基因，确认目的基因按要求表达后，把改造过的靶细胞种植到机体内，在体内表达目的基因〔8，9〕；③向靶细胞内转移目的基因的方法很多，其中以逆转录病毒载体介导的基因转移效率最高，能够稳定整合到靶细胞基因组中，可以有效地表达目的基因，是目前基因治疗中最常用的靶细胞内转移目的基因的方法并已成功地用于临床试验〔6，8～10〕；④在确保载体进入特定的细胞类型方面已经取得了相当的进展，但是，在建立能够有效地把其遗传有效负载插入靶细胞的传递遗传单位方面或躲过病人的免疫系统和其他防御系统而持久到足以到达它们的目的地方面，都不太成功，致使导入人体的目的基因表达水平低和获得长期表达效果难，极大地影响了治疗效果，限制了基因治疗的临床应用〔10，11〕；⑤现在是基因治疗回到基础研究上来的时候了，这是国际上众多这方面专家的共识，尽管基因治疗已经取得了一定的成绩，但作为一种治疗方法，基因治疗离大规模应用还有相当长的距离〔11～13〕。
, 百拇医药
3.2 从基因治疗文献的文种上看，英文文献占87.87%，其他文种的文献仅占文献总量的12.13%。从出版基因治疗文献的国别看，美国出版的基因治疗文献有2605篇，占第一位，英国和德国分别为1041篇和213篇，日本210篇，荷兰160篇，法国126篇。中国有51篇论文被收入MEDLINE检索系统，名列第8位。这种现象充分表明了英美等发达国家在基因治疗研究领域的优势，我国基因治疗的研究不论在深度或广度上与发达国家相比尚存在差距。
3.3 MEDLINE1988～1997年共收录基因治疗文献4873篇，索及期刊960种，其中1966篇文献分布在23种重要期刊中，占被索基因治疗文献总量的40.34%。23种重要期刊中，英文期刊21种，被索文献1881篇，占23种重要期刊被索文献总量的95.68%。其中美国出版的期刊14种、英国6种、日本2种、德国1种。以上表明，英文是基因治疗文献的最主要文种，美国和英国是当前世界上发表有关基因治疗研究文献最多的国家〔8〕。
, http://www.100md.com
3.4 与国外相比，我国基因治疗研究存在的主要问题是：①我国基因治疗研究的整体水平与先进国家相比尚有较大差距，资金问题一直是首当其冲的问题；②基础研究薄弱，过分强调其临床应用价值，不少研究单位在条件不成熟时也走向临床，存在一定的基因治疗过热现象，引起了一些科学家的忧虑；③有限的人才过于分散，缺乏有效的组织协调，协作攻关课题少，像复旦大学-新黄浦集团联合研究的团队太少，难以形成高水平的选题；④有针对性的国际合作少，具有我国特色的研究项目少〔14，15〕。这对我国从事基因治疗研究和管理的人员来说，应当予以重视，对其研究的投入要非常谨慎，重视其科学性，让国家有限的科研资金更好地发挥作用。
当前，随着我国科学技术的日益发展，大力开展我国基因治疗研究的条件已经基本具备。我们要充分利用当前有利时机，以国外先进的技术和研究动向为借鉴，正确处理近期发展和长远发展、基础研究与应用研究的关系。我国是世界上少有的“基因资源大国”，要结合国内生物医学科学发展的特点及其基础设施的实际情况，注意随时获取最新信息，及时掌握先进国家基因治疗研究的发展动态，吸取国外基因治疗研究中的新理论、新技术和新方法，充分发挥我国自己基因资源的优势，积极开展适合我国国情的基础和临床上不同层次的研究，树立系统观念，加强横向联合和内外交流，协作攻关，力争在不长的时间内，解决几个基因治疗研究方面的重大课题，这无疑是一难得的机遇与挑战。
参考文献(略), http://www.100md.com