生物学数据库

http://www.100md.com 2002年12月15日

    以前我们介绍过通用医学数据库，今天来介绍一下生物学数据库。生物学是当今医学界的一大热门学科；分科细，覆盖面广，数据量大，科技含量高是它的特点。目前还没有哪家院校能建立起自己完整的生物学数据库，所以能够到网上查询数据就成了研究生物学必备的技能。下面泪出当前世界上较有名的网上生物学数据库，具体的查询防范请参照《如何查找网上医学资料》，和该数据库的使用说明。

核酸数据库
EMBL Database	欧洲分子生物学实验室（European Molecular Biology Laboratory ）核酸序列数据库，为欧洲最主要的核酸序列数据库，世界两大核酸数据库之一。目前此数据库由其分支机构—EBI（the European Bioinformatics Institute，欧洲生物情报研究所）维护。
GenBank	美国国家生物技术情报中心（NCBI，National Center for Biotechnology Information）基因序列数据库。美国最主要的核酸序列数据库，世界两大核酸数据库之一。
DDBJ	DNA database of Japan (Mishima)，位于日本的核酸序列数据库，为亚洲主要的核酸序列数据库。
HIV Database	HIV序列数据库。
IMGT	ImMunoGeneTics数据库含有与免疫系统有关的核酸序列数据。
dbEST	序列表达标记数据库（Expressed Sequences Tags）。
BERLIN	5S rRNA 数据库。
EPD	真核启动子数据库（Eukaryotic Promoter database）
蛋白数据库
SWISS-PROT	SWISS-PROT 蛋白序列数据库，由日内瓦大学医学生物化学系（the Department of Medical Biochemistry of the University of Geneva ）与EMBL（European Molecular Biology Laboratory，欧洲分子生物学实验室）共同维护，是欧洲最主要的蛋白序列数据库，世界两大蛋白序列数据库之一。直接下载Swiss-Prot蛋白数据库38版，222 兆，含有8万个蛋白序列条目，近3000万个氨基酸残基组成。已放在生物软件光盘中。英文用户手册32 K及中文用户手册20K, 文本文件格式，是我花费了大量时间翻译整理的，近1万字，希望对大家使用SWISS-PORT数据库有所帮助。
PIR	PIR（Protein Identification Resource）蛋白序列鉴定数据库，由美国国家生物医学研究基金会（National Biomedical Research Foundation)维护。是美国最主要的蛋白序列数据库，为世界两大蛋白序列数据库之一。
PDB	Brookhaven蛋白序列三维立体结构数据库。
PROSITE	蛋白特征序列字典。
ENZYME	蛋白酶数据库。
REBASE	限制酶数据库。
HSSP	同类二级结构蛋白（Homology-derived secondary structure of proteins ）数据库。
BLOCKS	蛋白序列块数据库（Protein Blocks Database）。
KABAT	具有免疫学重要性的蛋白数据库（Database of Proteins of immunological interest）。
OMEGA	蛋白结构信息数据库（protein structural information）。
TMBASE	跨膜蛋白数据库，包括一些预测工具。
基因组数据库
DICTYDB	盘基网柄菌（Dictyostelium discoideum ）基因组数据库。
EcoGene	大肠杆菌（Escherichia coli）K12基因组数据库。
FLYBASE	果蝇（Drosophila ）基因组数据库。
MAIZEDB	玉米基因组数据库。
SGD	酵母菌（Saccharomyces）基因组数据库。
STYGENE	沙门氏菌（Salmonella typhimurium ）LT2基因组数据库。
SUBTILIST	纤小杆菌（Bacillus subtilis ）168基因组数据库。
WORMPEP	蠕虫（Caenorhabditis elegans )基因组计划蛋白数据库。
其它数据库
ECO2DBASE	大肠杆菌（Escherichia coli）基因-蛋白两维凝胶数据库。
GCRDB	G-蛋白结合受体数据库(G-protein--coupled receptor database)。
MIM	MIM 人类孟德尔遗传学数据库（Mendelian Inheritance in Man Database）。
PHDP	放射杂交体数据库(The Radiation Hybrid Database)。
AARHUS/GHENT-2DPAGE	人角质化细胞（keratinocyte ）两维蛋白凝胶数据库（Aarhus and Ghent universities）。
SWISS-2DPAGE	日内瓦大学（the University of Geneva）人类两维凝胶蛋白数据库（Human 2D Gel Protein Database）。
TRANSFAC	转录因子数据库（Transcription factor database）。
YEPD	酵母电泳蛋白数据库（ Yeast electrophoresis protein database）。
SRPDB	信号识别位点数据库（Signal recognition particle database ）。
EMP	酶和代谢途径数据库（Database of Enzymes and Metabolic Pathways）。

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