甲胎蛋白是
肝癌细胞分泌的一种蛋白，但是也有少数的肝癌细胞不分泌甲胎蛋白，用双向对流电泳法检测原发性肝癌，大约有40%的肝癌病人甲胎蛋白阴性。即使用目前最敏感的放射免疫法，仍然有20%-30%的肝癌病人的甲胎蛋白在正常范围内。目前对此现象还不十分清楚。
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甲胎蛋白阴性的肝癌病人其临床表现、预后和甲胎蛋白阳性的肝癌类似，这些肝癌病人也是发生在慢性
肝炎、
肝硬化的基础上。如果有
肝病基础的病人有肝癌的
症状、体征及特征性的影像学表现，仍能确诊为原发性肝癌。