抗生素的应用可分为预防性应用(Prophylactic use)和治疗性应用(Therapeutic use)。治疗性应用抗生素又可分为经验性治疗(Empirical therapy)和病因性治疗(Definitive therapy)。
预防性应用抗生素是在感染尚未发生之前即开始应用抗生素，主要是因为病人将要经历感染高危因素(如手术创伤)的侵袭。预防性应用抗生素要有明确的时间性和目标性。预防外科手术所致的感染，应强调在手术操作时机体组织中的抗生素浓度保持在有效杀菌水平，手术结束后则应尽快停用预防性抗生素。长时间应用预防性抗生素不但失去了预防的意义，而且还有可能诱发更为严重的难治性感染。经验性应用抗生素是指在了解环境中PPM流行特性的基础上，根据临床情况，及早应用有效抗生素，主要适用于危重病人，尤其是那些患有致死性感染性疾病的危重病人。在这种情况下，不允许因为等待病源学检查资料而贻误治疗的时机，而只能根据医生的经验对抗生素进行选择。众所周知，感染性休克的死亡率要远远超过单纯菌血症的死亡率。可见，经验性应用抗生素要及早开始，防止感染的进行性发展。已有资料表明，经验性应用抗生素越早，感染的治愈率越高。医生选用抗生素的经验主要来自于对临床情况的判断和对引发感染的PPM流行情况的调查及对不同种类抗生素特性的掌握。从而可以看出，追踪并了解本单位的PPM流行情况对于防治医院获得性感染是十分重要的。尽管如此，经验性应用抗生素的准确率仍然十分有限。所以，在经验性应用时多选用对常见的PPM有效的广谱的抗生素，以期望切实覆盖致病菌。但与此同时，长时间应用广谱抗生素会引发严重的不良后果，所以应尽可能地缩短经验性应用抗生素的时间。在经验性应用抗生素之前及其过程中应不失时机地进行病源学调查，一旦查出致病菌，就要针对病因改换抗生素。病因性应用抗生素是指在了解致病菌特点的基础上，根据感染的临床情况，选择针对性强的抗生素。这时所选用的抗生素的抗菌谱要窄，针对性要强。
抗生素在治疗感染的同时诱导了致病菌耐药性的发展。从整体发展的角度出发，应当减少抗生素的应用，但对于个体病人，抗生素是抗感染治疗的重要选择。由此，导致了医生对抗生素"双刃剑"特性的可以接受但在应用上却难改初衷的临床实情。为了将这种限制抗生素应用的理论必要性更加具有临床可行性，一些学者提出了改变经验性应用抗生素策略的一些具体方法，经过一些单位的试行后得到初步的成效。这些方法主要包括：
1. 制定抗生素应用指南：根据本单位或本地区致病菌的流行及耐药性演变情况，制定出选择抗生素的具体条目。这种指南可以帮助临床医生对抗生素的合理选择，但由于与感染相关的影响因素繁多，指南往往只能为临床医生提供一个不确定的选择范围。
2. 电脑辅助系统：随着电脑网络系统在医院内的普及，可以将医院内致病菌的流行及耐药性的情况通过网络进行动态监测，并随时提供给临床医生。临床医生在选择抗生素时可参考电脑提供的建议。提高了应用抗生素的准确性。
3. 抗生素的轮换应用：针对致病菌对某种或某类抗生素耐药性日益增长的现状，定期更换经验性应用的抗生素及定期限定目标性应用抗生素的选择范围。周期性选用或停用某一类抗生素，采用不同种类的耐药菌敏感的抗生素，有助于减少多重耐药菌株的发生及增加经验性应用抗生素的准确性，并有可能降低危重病人医院获得性感染的发病率和病死率[12]。
医院获得性感染的防治是一项艰巨而长期的工作。合理应用抗生素、对感染灶的彻底引流、肠道粘膜屏障功能的保护、切实的灭菌消毒和杜绝交叉沾染、监测致病菌耐药性的流行趋势等多个方面的工作都在防治医院获得性感染中起着重要的作用。医院获得性感染是每一个临床工作者所必须面对的问题。这里面既包括了紧跟治疗理念策略的更新，也包括了诸如象工作人员洗手的这种简单易行但又难以坚持的工作细节。应该看到，随着人们认识水平的提高和临床医学技术的发展，防治医院获得性感染的理论将会更具有可行性。90年代以来，全身炎性反应综合征(SIRS)及其相关理论的提出[13]，为人们对感染的认识增加了耀眼的光彩。从而推动了从器官、组织到分子基因水平的基础医学研究的如火如荼发展。 (刘大为)
预防性应用抗生素是在感染尚未发生之前即开始应用抗生素，主要是因为病人将要经历感染高危因素(如手术创伤)的侵袭。预防性应用抗生素要有明确的时间性和目标性。预防外科手术所致的感染，应强调在手术操作时机体组织中的抗生素浓度保持在有效杀菌水平，手术结束后则应尽快停用预防性抗生素。长时间应用预防性抗生素不但失去了预防的意义，而且还有可能诱发更为严重的难治性感染。经验性应用抗生素是指在了解环境中PPM流行特性的基础上，根据临床情况，及早应用有效抗生素，主要适用于危重病人，尤其是那些患有致死性感染性疾病的危重病人。在这种情况下，不允许因为等待病源学检查资料而贻误治疗的时机，而只能根据医生的经验对抗生素进行选择。众所周知，感染性休克的死亡率要远远超过单纯菌血症的死亡率。可见，经验性应用抗生素要及早开始，防止感染的进行性发展。已有资料表明，经验性应用抗生素越早，感染的治愈率越高。医生选用抗生素的经验主要来自于对临床情况的判断和对引发感染的PPM流行情况的调查及对不同种类抗生素特性的掌握。从而可以看出，追踪并了解本单位的PPM流行情况对于防治医院获得性感染是十分重要的。尽管如此，经验性应用抗生素的准确率仍然十分有限。所以，在经验性应用时多选用对常见的PPM有效的广谱的抗生素，以期望切实覆盖致病菌。但与此同时，长时间应用广谱抗生素会引发严重的不良后果，所以应尽可能地缩短经验性应用抗生素的时间。在经验性应用抗生素之前及其过程中应不失时机地进行病源学调查，一旦查出致病菌，就要针对病因改换抗生素。病因性应用抗生素是指在了解致病菌特点的基础上，根据感染的临床情况，选择针对性强的抗生素。这时所选用的抗生素的抗菌谱要窄，针对性要强。
抗生素在治疗感染的同时诱导了致病菌耐药性的发展。从整体发展的角度出发，应当减少抗生素的应用，但对于个体病人，抗生素是抗感染治疗的重要选择。由此，导致了医生对抗生素"双刃剑"特性的可以接受但在应用上却难改初衷的临床实情。为了将这种限制抗生素应用的理论必要性更加具有临床可行性，一些学者提出了改变经验性应用抗生素策略的一些具体方法，经过一些单位的试行后得到初步的成效。这些方法主要包括：
1. 制定抗生素应用指南：根据本单位或本地区致病菌的流行及耐药性演变情况，制定出选择抗生素的具体条目。这种指南可以帮助临床医生对抗生素的合理选择，但由于与感染相关的影响因素繁多，指南往往只能为临床医生提供一个不确定的选择范围。
2. 电脑辅助系统：随着电脑网络系统在医院内的普及，可以将医院内致病菌的流行及耐药性的情况通过网络进行动态监测，并随时提供给临床医生。临床医生在选择抗生素时可参考电脑提供的建议。提高了应用抗生素的准确性。
3. 抗生素的轮换应用：针对致病菌对某种或某类抗生素耐药性日益增长的现状，定期更换经验性应用的抗生素及定期限定目标性应用抗生素的选择范围。周期性选用或停用某一类抗生素，采用不同种类的耐药菌敏感的抗生素，有助于减少多重耐药菌株的发生及增加经验性应用抗生素的准确性，并有可能降低危重病人医院获得性感染的发病率和病死率[12]。
医院获得性感染的防治是一项艰巨而长期的工作。合理应用抗生素、对感染灶的彻底引流、肠道粘膜屏障功能的保护、切实的灭菌消毒和杜绝交叉沾染、监测致病菌耐药性的流行趋势等多个方面的工作都在防治医院获得性感染中起着重要的作用。医院获得性感染是每一个临床工作者所必须面对的问题。这里面既包括了紧跟治疗理念策略的更新，也包括了诸如象工作人员洗手的这种简单易行但又难以坚持的工作细节。应该看到，随着人们认识水平的提高和临床医学技术的发展，防治医院获得性感染的理论将会更具有可行性。90年代以来，全身炎性反应综合征(SIRS)及其相关理论的提出[13]，为人们对感染的认识增加了耀眼的光彩。从而推动了从器官、组织到分子基因水平的基础医学研究的如火如荼发展。 (刘大为)