基因命名，乱麻待理
摘自《科技日报》
(一)
酵母菌和老鼠拥有功能相近而名称各异的基因片段
随着基因组研究在全世界的广泛展开，生物学家们对基因片段命名中的混乱状况越来越感到头疼。有些基因片段明明在结构或者功能上相差甚远，但却有着完全相同的名称，而一些结构或者功能相似的基因片段却有着根本不能让人把它们联系起来的名字。例如，早在好几年前，遗传学家就已经达成共识，果蝇体内的鳞片基因和老鼠体内的β-链接素基因具有类似的功能(编码产生可以影响胚胎早期发育的蛋白质)和相近的DNA序列，所以，它们应该属于同一种基因，但是直到今天，它们仍然各有各的名字。
挪威科学家艾温德·霍维格领导的研究小组目前正在利用计算机来统计分析学术期刊上发表的论文中的基因片段的命名情况。截止2001年5月1日的时候，他们分析了Medline数据库(隶属于美国国家医学图书馆，全世界最著名的医学文献数据库)中的近1000万条文献摘要，确定了22008个人类基因片段，结果发现10352个基因片段有不止一个名字。一个名为“SELL”的基因片段竟然有15个别名。此外，有4275个字母缩写“一词多义”，被用来指代多个基因片段。例如，多义频率最高的字母缩写“MT1”至少有11中含义，对应11个不同的基因片段。
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霍维格等分析的还仅仅是目前科学家们已经发现的人类的基因片段。在跨种属的生物之间，基因片段命名的混乱就更让人晕头转向了。例如，在酵母菌体内与人类的基因片段“PMS1”功能相对应的基因片段被命名为“PMS2”，而真正与“PMS2”功能相对应的基因片段却被命名为“PMS1”。
基因片段命名的混乱无疑给科学家的研究工作带来了不良影响。美国科学家，鼠基因组数据库(MGD)的负责人朱迪丝·布雷克就指出，在遗传学研究中，科学家们经常发现在不同种属的生物之间存在非常相似的基因片段，这对探索生命起源和物种进化常常是不可多得的发现。但基因片段命名的混乱使不同研究领域的科学家很难共享研究成果或者是进行联合性的研究工作。
很多科学家都想将基因片段的命名标准化，为此，相关领域的科学家曾经在1997年和1999年举行了两次有关基因片段命名的研讨会，但科学家们研究领域的不同以及命名习惯的巨大差异使得要制定一个“放之四海而皆准”的命名标准实在不容易。欧洲生物信息研究院院长、英国科学家迈克尔·爱什博纳甚至开玩笑说，科学家们可以共用一把牙刷，但要让他们共用一个基因名称，简直比登天还难。为此，爱什博纳和其他一些知名的生物学家共同创立了一个名为“基因命名协会”的团体。爱什博纳介绍说，基因命名协会的工作目标就是希望未来能够利用计算机将基因组数据库中功能相近而名称不同的基因片段链接起来，以使查阅数据库的科学家能尽量准确全面地获取所需要的数据。
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(二)
目前，基因命名协会已经得到了蝇基因组数据库、酵母菌基因组数据库、鼠基因组数据库、蠕虫基因组数据库等多个数据库的支持。他们都按照基因命名协会的方法归类命名自己的数据库中的基因片段，并且将相关信息反馈到设于美国斯坦福大学的基因命名协会的中央服务器上。此外，各个数据库还根据相应领域的研究进展动态修订自己对基因片段的命名。基因命名协会希望，未来能有更多的基因组数据库能加入到他们的团体当中来。
不久前，美国国家人类基因组研究院向基因命名协会划拨了一笔为期3年、总额为500万美元的科研资金。这让基因命名协会的科学家们欣喜不已。更让他们高兴的是，前不久已经有人利用他们的方法命名了果蝇和人类、果蝇和老鼠之间共有的数个基因片段了。而且，世界第三大制药巨头阿斯利康公司研发中心的首席科学家肯·法斯曼日前在接受媒体采访时说，今后阿斯利康公司将不再购买以非基因命名协会原则命名的产品。
但也有人对基因命名协会的方法是否能够“一统天下”表示怀疑。美国罗塞塔·英法默公司高级副总裁、遗传信息学专家马克·博古斯基就指出，目前已有的研究显示，基因片段在生物体发育的不同阶段可能会有不同的功能。所以，单纯按照功能而将基因片段归类命名很可能会导致新的混乱。
但不管怎么说，毕竟科学家们已经认识到了基因片段命名标准化的迫切性，而且在朝着解决问题的方向努力了。, 百拇医药
(一)
酵母菌和老鼠拥有功能相近而名称各异的基因片段
随着基因组研究在全世界的广泛展开，生物学家们对基因片段命名中的混乱状况越来越感到头疼。有些基因片段明明在结构或者功能上相差甚远，但却有着完全相同的名称，而一些结构或者功能相似的基因片段却有着根本不能让人把它们联系起来的名字。例如，早在好几年前，遗传学家就已经达成共识，果蝇体内的鳞片基因和老鼠体内的β-链接素基因具有类似的功能(编码产生可以影响胚胎早期发育的蛋白质)和相近的DNA序列，所以，它们应该属于同一种基因，但是直到今天，它们仍然各有各的名字。
挪威科学家艾温德·霍维格领导的研究小组目前正在利用计算机来统计分析学术期刊上发表的论文中的基因片段的命名情况。截止2001年5月1日的时候，他们分析了Medline数据库(隶属于美国国家医学图书馆，全世界最著名的医学文献数据库)中的近1000万条文献摘要，确定了22008个人类基因片段，结果发现10352个基因片段有不止一个名字。一个名为“SELL”的基因片段竟然有15个别名。此外，有4275个字母缩写“一词多义”，被用来指代多个基因片段。例如，多义频率最高的字母缩写“MT1”至少有11中含义，对应11个不同的基因片段。
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霍维格等分析的还仅仅是目前科学家们已经发现的人类的基因片段。在跨种属的生物之间，基因片段命名的混乱就更让人晕头转向了。例如，在酵母菌体内与人类的基因片段“PMS1”功能相对应的基因片段被命名为“PMS2”，而真正与“PMS2”功能相对应的基因片段却被命名为“PMS1”。
基因片段命名的混乱无疑给科学家的研究工作带来了不良影响。美国科学家，鼠基因组数据库(MGD)的负责人朱迪丝·布雷克就指出，在遗传学研究中，科学家们经常发现在不同种属的生物之间存在非常相似的基因片段，这对探索生命起源和物种进化常常是不可多得的发现。但基因片段命名的混乱使不同研究领域的科学家很难共享研究成果或者是进行联合性的研究工作。
很多科学家都想将基因片段的命名标准化，为此，相关领域的科学家曾经在1997年和1999年举行了两次有关基因片段命名的研讨会，但科学家们研究领域的不同以及命名习惯的巨大差异使得要制定一个“放之四海而皆准”的命名标准实在不容易。欧洲生物信息研究院院长、英国科学家迈克尔·爱什博纳甚至开玩笑说，科学家们可以共用一把牙刷，但要让他们共用一个基因名称，简直比登天还难。为此，爱什博纳和其他一些知名的生物学家共同创立了一个名为“基因命名协会”的团体。爱什博纳介绍说，基因命名协会的工作目标就是希望未来能够利用计算机将基因组数据库中功能相近而名称不同的基因片段链接起来，以使查阅数据库的科学家能尽量准确全面地获取所需要的数据。
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(二)
目前，基因命名协会已经得到了蝇基因组数据库、酵母菌基因组数据库、鼠基因组数据库、蠕虫基因组数据库等多个数据库的支持。他们都按照基因命名协会的方法归类命名自己的数据库中的基因片段，并且将相关信息反馈到设于美国斯坦福大学的基因命名协会的中央服务器上。此外，各个数据库还根据相应领域的研究进展动态修订自己对基因片段的命名。基因命名协会希望，未来能有更多的基因组数据库能加入到他们的团体当中来。
不久前，美国国家人类基因组研究院向基因命名协会划拨了一笔为期3年、总额为500万美元的科研资金。这让基因命名协会的科学家们欣喜不已。更让他们高兴的是，前不久已经有人利用他们的方法命名了果蝇和人类、果蝇和老鼠之间共有的数个基因片段了。而且，世界第三大制药巨头阿斯利康公司研发中心的首席科学家肯·法斯曼日前在接受媒体采访时说，今后阿斯利康公司将不再购买以非基因命名协会原则命名的产品。
但也有人对基因命名协会的方法是否能够“一统天下”表示怀疑。美国罗塞塔·英法默公司高级副总裁、遗传信息学专家马克·博古斯基就指出，目前已有的研究显示，基因片段在生物体发育的不同阶段可能会有不同的功能。所以，单纯按照功能而将基因片段归类命名很可能会导致新的混乱。
但不管怎么说，毕竟科学家们已经认识到了基因片段命名标准化的迫切性，而且在朝着解决问题的方向努力了。, 百拇医药