克隆中国B、C、E亚型的HIV-1代表株建立适于我国流行株的异源双链泳动分析
异源双链泳动分析|人类免疫缺陷病毒Ⅰ型|亚型|质粒|序列分析|敏感性分析,关键词:
关键词:异源双链泳动分析;人类免疫缺陷病毒Ⅰ型;亚型;质粒;序列分析;敏感性分析
【摘要】 目的 构建我国人免疫缺陷病毒1型(HIV-1) B、C 和 E各亚型代表株env基因质粒,用于对中国HIV-1进行分型。方法 将与我国HIV-1 B、C 和 E各亚型共享序列最接近的毒株用套式聚合酶链反应(PCR)技术扩增包膜(env)基因,克隆到 pGEM-Teasy载体中,构建成用于异源双链泳动分析(HMA)分型的中国标准亚型质粒,并进行了序列分析和分型的敏感性分析。结果 构建的中国HIV-1 B、C 和 E亚型标准亚型质粒对我国已知亚型的样品进行分析,有清晰的异源双链带形成,形成的异源双链与国外同种亚型质粒与样品形成的异源双链带相比,距同源双链更为接近,分型结果更为精确。中国HIV-1 B、C 和 E亚型标准株的核苷酸序列与国际常用于HMA分型的TH14、IND868、MA959、TH22、等序列比较,相应亚型的核苷酸同源性是:B亚型90.2%, 88.3%,C亚型 83.7%,E 亚型92.3%。结论 采用HMA方法,用中国HIV-1 B、C 和E 各亚型标准质粒对中国HIV-1进行分型,中国HIV-1代表株的HMA各参考亚型质粒提高了中国HMA分型的敏感性,也为世界卫生组织(WHO)艾滋病规划署(UNAIDS)的HIV分离鉴定网增加了供分型的参考亚型质粒 ......
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