中医理论的核心包括三个方面：整体观念、辨证论治、天人合一。如果不明“阴阳”的真实意义，这三个方面也就都无从论起了。
现在的中医教材对这个核心和“阴阳”的解释全都牵强附会。如：上为“阳”，下为“阴”；表为“阳”，里为“阴”；把器质说成是“阴”，把功能说成是“阳”。像这样用所谓“朴素的唯物主义”理论来解释，那么，“阴阳”在临床辨证论治方面就失去了真正的意义和作用。而且，在教材中对于“真阴真阳”的概念绝少论及，所以，“真阴真阳”与“阴邪阳邪”的概念就极易混淆，在大学里讲解“阴阳”的章节和课时极少，早已完全失去了中医原有的精髓，都只是在皮肉上做文章。
整体观念 —— 在中医理论的核心中排在第一位，因为“阴阳”乃是一气，人的全身没有一处没有“阴阳”，除非人死了，“阴阳”是一时也不会分开的。这一点，前文已经说得很清楚了。如果说把五脏六腑以及它们的关系看成是一个密不可分的整体，这是依照经脉和解剖的理论所进行的解释，这样的解释也是正确的，但却是排在“阴阳”理论之下，已经属于次一等的解释了，如果依照这个次一等的理论去学习，即使学出来也不会是高手。如果把脏腑的功能按照西医的理论进行解释，即使条目是中医的，也不能称之为纯粹中医的“整体观念”了。而且，如果连“阴阳”都没有搞懂，谈论“邪正”又有什么意义呢。
辨证论治 —— 是在领悟了“整体观念”的基础上所进行的灵活运用。现代中医将辨证论治作为中医理论的核心，这种看法是不妥当的，这是在脏腑关系的基础上所作出的结论，而没有上升到“阴阳”的高度来看问题，这是不懂“阴阳”所造成的。其实道理很简单，辨证论治的“证”指的就是“阴阳”得证候，而不是指症状。在纲目的分类方式中，“证”属于纲，“症”属于目。比如：阴盛阳虚属于证，而无神、声低、少气、畏寒等属于症。所谓“辨证论治”就是“纲举目张”的道理。如果不懂“阴阳”，那么，“辨证论治”岂不就成了“辨症论治”了吗？现代中医基本上都属于后者，拘泥于成方而不知变通，用某方治好了某病，于是就一门深入，成了擅长治某病的专家，却不会治疗其它的疾病，这与擅长分科的西医没有什么差别。而真正的中医是不分科的，没听说华佗、张仲景、孙思邈、陈修园等著名医学家是哪一科的专家。所以，只知辨症而不知辨证，这就是现在医(学)院中“明医没几个，专家任扒拉”的原因。
天人合一 —— 是中医思辨和修养的最高境界。现代中医药大学的《中医基础理论》教材已经基本将其删除了，只剩下前两个作为理论核心，这是一个非常可悲的事情。孔子在《大学》中说：“致知在格物。物格而后知至。”意思是：要想达到智慧的顶点就必须懂得如何将世界万物分门别类到顶点。如果将世界万物分门别类到了顶点，就可以达到智慧的顶点。所谓“格物”，是通过努力学习知识，竭力探究自己的本性，才能够将自然的道理与人身的道理结合并统一。进一步说，就是不被纷乱障眼的事物和欲望所蒙蔽，能够透过现象看到事物无形的本质。比如：通过对自然界中四季的寒热变化的观察和分析进而领悟到人身“阴阳”的变化，并将这个道理运用到自身道德的修养和身体的修炼上，最后体悟到自身的“阴阳”与天地的“阴阳”交感互动，这才是真正体会到“阴阳”。如果懂得了“阴阳”的变化规律，辨证论治就易如反掌。
在《论语》中有这样一段对话：
孔子说：“没有人知道我呀!”子贡问道：“为什么没有人知道您呢？”孔子说：“我不怨恨天，不责备人，学习一些平常的知识，却透彻了解了很高的道理。知道我的，只有天吧!”(《论语》)
在这里提醒学者注意：天地之中的一切事物和道理，都能够在人的身上找到(道不远人)。
但是，道理不是说出来的，而是通过在社会和对自身的刻苦实践得来的。理论上说得容易，而对“阴阳”体会的内容却是实实在在的。希望学者读到此处，应该努力学习反省才是，切不可以此学说来炫耀自己，更不可据此而指责他人。
现在的中医教材对这个核心和“阴阳”的解释全都牵强附会。如：上为“阳”，下为“阴”；表为“阳”，里为“阴”；把器质说成是“阴”，把功能说成是“阳”。像这样用所谓“朴素的唯物主义”理论来解释，那么，“阴阳”在临床辨证论治方面就失去了真正的意义和作用。而且，在教材中对于“真阴真阳”的概念绝少论及，所以，“真阴真阳”与“阴邪阳邪”的概念就极易混淆，在大学里讲解“阴阳”的章节和课时极少，早已完全失去了中医原有的精髓，都只是在皮肉上做文章。
整体观念 —— 在中医理论的核心中排在第一位，因为“阴阳”乃是一气，人的全身没有一处没有“阴阳”，除非人死了，“阴阳”是一时也不会分开的。这一点，前文已经说得很清楚了。如果说把五脏六腑以及它们的关系看成是一个密不可分的整体，这是依照经脉和解剖的理论所进行的解释，这样的解释也是正确的，但却是排在“阴阳”理论之下，已经属于次一等的解释了，如果依照这个次一等的理论去学习，即使学出来也不会是高手。如果把脏腑的功能按照西医的理论进行解释，即使条目是中医的，也不能称之为纯粹中医的“整体观念”了。而且，如果连“阴阳”都没有搞懂，谈论“邪正”又有什么意义呢。
辨证论治 —— 是在领悟了“整体观念”的基础上所进行的灵活运用。现代中医将辨证论治作为中医理论的核心，这种看法是不妥当的，这是在脏腑关系的基础上所作出的结论，而没有上升到“阴阳”的高度来看问题，这是不懂“阴阳”所造成的。其实道理很简单，辨证论治的“证”指的就是“阴阳”得证候，而不是指症状。在纲目的分类方式中，“证”属于纲，“症”属于目。比如：阴盛阳虚属于证，而无神、声低、少气、畏寒等属于症。所谓“辨证论治”就是“纲举目张”的道理。如果不懂“阴阳”，那么，“辨证论治”岂不就成了“辨症论治”了吗？现代中医基本上都属于后者，拘泥于成方而不知变通，用某方治好了某病，于是就一门深入，成了擅长治某病的专家，却不会治疗其它的疾病，这与擅长分科的西医没有什么差别。而真正的中医是不分科的，没听说华佗、张仲景、孙思邈、陈修园等著名医学家是哪一科的专家。所以，只知辨症而不知辨证，这就是现在医(学)院中“明医没几个，专家任扒拉”的原因。
天人合一 —— 是中医思辨和修养的最高境界。现代中医药大学的《中医基础理论》教材已经基本将其删除了，只剩下前两个作为理论核心，这是一个非常可悲的事情。孔子在《大学》中说：“致知在格物。物格而后知至。”意思是：要想达到智慧的顶点就必须懂得如何将世界万物分门别类到顶点。如果将世界万物分门别类到了顶点，就可以达到智慧的顶点。所谓“格物”，是通过努力学习知识，竭力探究自己的本性，才能够将自然的道理与人身的道理结合并统一。进一步说，就是不被纷乱障眼的事物和欲望所蒙蔽，能够透过现象看到事物无形的本质。比如：通过对自然界中四季的寒热变化的观察和分析进而领悟到人身“阴阳”的变化，并将这个道理运用到自身道德的修养和身体的修炼上，最后体悟到自身的“阴阳”与天地的“阴阳”交感互动，这才是真正体会到“阴阳”。如果懂得了“阴阳”的变化规律，辨证论治就易如反掌。
在《论语》中有这样一段对话：
孔子说：“没有人知道我呀!”子贡问道：“为什么没有人知道您呢？”孔子说：“我不怨恨天，不责备人，学习一些平常的知识，却透彻了解了很高的道理。知道我的，只有天吧!”(《论语》)
在这里提醒学者注意：天地之中的一切事物和道理，都能够在人的身上找到(道不远人)。
但是，道理不是说出来的，而是通过在社会和对自身的刻苦实践得来的。理论上说得容易，而对“阴阳”体会的内容却是实实在在的。希望学者读到此处，应该努力学习反省才是，切不可以此学说来炫耀自己，更不可据此而指责他人。