SNP的研究现状及在MMPs研究中的应用
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葛金梅, 张忠英, 彭宣宪, 任建林
肿瘤转移;SNPs;MMPs,葛金梅，彭宣宪,张忠英，,任建林，,通讯作者：,摘要,关键词：,0,引言,1单基因多态性,2SNP的筛查方法,2.1PCR-
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参见附件(901KB，10页)。
葛金梅，彭宣宪, 厦门大学生命科学院 福建省厦门市 361005
张忠英，厦门市临床检验中心 福建省厦门市 361004
任建林，厦门大学中山医院消化内科 厦门市消化病研究所 福建省厦门市 361004
通讯作者：张忠英，361004，福建省厦门市湖滨南路201号，厦门市临床检验中心. zhangzy@yahoo.com.cn
电话：0592-8778328
收稿日期：2005-08-03 接受日期：2005-08-26
摘要
对单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphisms，SNPs)的研究分析近几年被广泛应用于生物及医学研究的诸多领域，筛查SNPs的方法很多，各具特色，并一直不断地发展.本文对筛查SNP的几种常用及最新方法做一简要介绍，其中包括PCR-RFLP，分子信标等.细胞外基质的降解和改变是肿瘤转移的基本条件，基质金属蛋白酶(matrix metalloproteinases，MMPs)是一类依赖锌离子的蛋白水解酶，可以降解细胞外基质、基底膜、以及间质基质，在肿瘤转移中具有重要作用.有些MMP基因序列存在单基因多态性即SNP现象，且最终影响MMP蛋白的功能.对MMPs的单基因多态性研究为进一步从分子水平研究MMPs的结构和功能及MMPs与肿瘤转移的关系提供了一个新的方向.
关键词：肿瘤转移； SNPs； MMPs
葛金梅，张忠英，彭宣宪，任建林. SNP的研究现状及在MMPs研究中的应用. 世界华人消化杂志 2005;13(17):2128-2137
0 引言
单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphisms，SNPs)是第三代遗传诊断标记，近几年被广泛应用于生物以及医学研究的诸多领域，筛查SNP的方法自从1996年SNP被正式定为第三代遗传标记以来得到很大的发展，进一步促进了对SNP的研究.尤其是芯片技术的应用使SNP研究进入一个新的阶段.基质金属蛋白酶(matrix metalloproteinases，MMPs)在肿瘤转移中具有重要作用，对MMPs的研究可以揭示肿瘤转移的原因以及机制，有些MMP基因序列存在SNP现象，并与肿瘤转移有密切联系.研究MMPs的SNP为进一步从分子水平探讨MMPs的作用开辟了一条新的途径.
1 单基因多态性
单核苷酸多态性即SNPs是指基因组DNA序列中由于单个核苷酸(A，G，C，T)替换而引起的多态性，它是一种单核苷酸的变异，是继限制性酶切片断长度多态性即RFLP(restriction fragment length polymorphism)以及可变数串联重复序列即VNTR(variable number of tandem repeat)和微卫星多态性(microsatellite polymorphism)之后的又一新一代多态性遗传标记，自从1994年第一次被提出之后，它渐渐成为与分子标记有关各领域研究的焦点[1-24].
作为第三代遗传标记，SNPs在基因组中具有高密度和高保守的特点，人类30亿个碱基中每千个碱基出现一次，初步估计在整个基因组共有300万以上的SNPs.大多数SNPs位于基因组的非编码区，并且有些位于基因组编码区的SNPs所致编码序列的改变并不影响翻译后的氨基酸序列，这种SNPs对个体的表现型是无影响的.但是有的SNPs位于基因启动子中，导致基因转录活性的上升或下降，造成该蛋白的表达量上升或下降，进一步影响其生物学活性.有些位于蛋白质编码区的SNPs可能影响翻译后关键的功能基团的氨基酸序列，从而影响蛋白质的功能，最终导致对特定环境或病因的反应敏感性.目前很多机构都在检测SNP，做SNP图，建立SNP与各种疾病之间的联系，如果得出某些SNP或某些SNP的特定组合与特定疾病、特定地区发病人群乃至个别患者有明显相关性，疾病的诊断和治疗将可以更有针对性，甚至做到个体化.近几年来，SNP筛查在遗传病的研究，药学的应用研究，以及肿瘤研究中都得到应用.
2 SNP的筛查方法
自从SNP受到重视以来，人们对SNP的筛查方法进行了许多探索和改进.传统的方法有单链构象多态性分析(single-strand conformation polymorphism,SSCP)[25-37]、[38-41]等.比较新兴的方法包括Taqman探针技术[42-50]、焦磷酸测序(pyrosequencing)[51-63]、DNA芯片(DNA chip)[64-73]分析、变性高效液相色谱(denaturing high performance liquid chromatography,DHPLC)[74-88]、能量转移标记的等位特异PCR[89]、基质辅助激光解吸附电离飞行时间质谱(matrix assisted laser desorption ionization time of flight mass spectrometry,MALDI-TOF)[72,90-113]等 ......
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