清华大学在基因分型和检测通量方面取得新突破：新HLA基因分型芯片检测系统问世
本报北京讯 记者应庆报道 近日，由清华大学承担的HLA(人类白细胞抗原)基因分型芯片检测系统通过了教育部科技发展中心组织的专家鉴定。据悉，该项目通过对上千份样品的盲测实验证明,芯片系统的分型准确率已达99.8%以上。而且，其每张芯片最多可以对上万份样品进行分析，是目前通量最高的基因分型方法。
据悉，该芯片除了可用于骨髓库入库分型外，也可以用于HLA科研领域。HLA基因分型芯片检测技术建立了以氨基基片为片基、以不对称PCR(聚合酶链反应)为样品制备方法、以TAMRA标记的Oligo(寡核苷酸)为检测探针的正向杂交型HLA基因分型检测方法。研究人员通过探针设计的改进、杂交条件的优化，选出了覆盖HLA-A/B/DRB1三个基因位点上多数SNP位点的一套探针，并确定了其最适宜的杂交反应条件；同时开发了用于计算机分型的HLA分型软件，从而成功地构建了HLA基因的中分辨率分型芯片。研究人员采用正向杂交的方法，以基因组DNA为模板，分别对待测样品的HLA-A/B/DRB1三个基因的目的片段进行扩增。将每个样品三个基因的扩增产物分别点在芯片上，制成针对HLA_A/B/DRB1三个基因位点的DNA芯片。研究人员用三组分别针对三个基因的荧光标记的HLA型特异性探针分别与芯片进行杂交，用HLA分型软件对每个样品的杂交结果进行分析，从而确定每个样品的HLA_A/B/DRB1基因型。
据了解，该技术的研发基础是基于良好的片基、独特的样品制备技术、四个专业设计(独特的探针设计、点阵设计、长期积累的杂交经验、专利化盖片设计)以及自主研发的分析软件，利用项目设计的方法学优势和全方位质量控制来进行快速、准确分型。利用该技术可一次性同时检测大量样品，实现高通量检测，每张芯片可印制数百至数千份样品，从而体现了芯片的技术优势。
此外，HLA基因分型芯片检测技术还开发了具有强大功能和高度自动化的程序和软件。杂交结果阴阳性判断程序可以同时完成HLA-A/B/DRB1三个区的杂交结果判读工作。程序运行结束后会生成杂交阴阳性判读的结果文件，利用该文件所包括的信息，分型软件便可以给出最终的分型结果。
该项目负责人表示，通过该项目的程序和软件可进行高通量的HLA分型，每批的分型样品数量可高达数千份，可在无需试验人员主观干预的情况下实现，从而使判型过程快速简便，判型结果客观准确。, http://www.100md.com
据悉，该芯片除了可用于骨髓库入库分型外，也可以用于HLA科研领域。HLA基因分型芯片检测技术建立了以氨基基片为片基、以不对称PCR(聚合酶链反应)为样品制备方法、以TAMRA标记的Oligo(寡核苷酸)为检测探针的正向杂交型HLA基因分型检测方法。研究人员通过探针设计的改进、杂交条件的优化，选出了覆盖HLA-A/B/DRB1三个基因位点上多数SNP位点的一套探针，并确定了其最适宜的杂交反应条件；同时开发了用于计算机分型的HLA分型软件，从而成功地构建了HLA基因的中分辨率分型芯片。研究人员采用正向杂交的方法，以基因组DNA为模板，分别对待测样品的HLA-A/B/DRB1三个基因的目的片段进行扩增。将每个样品三个基因的扩增产物分别点在芯片上，制成针对HLA_A/B/DRB1三个基因位点的DNA芯片。研究人员用三组分别针对三个基因的荧光标记的HLA型特异性探针分别与芯片进行杂交，用HLA分型软件对每个样品的杂交结果进行分析，从而确定每个样品的HLA_A/B/DRB1基因型。
据了解，该技术的研发基础是基于良好的片基、独特的样品制备技术、四个专业设计(独特的探针设计、点阵设计、长期积累的杂交经验、专利化盖片设计)以及自主研发的分析软件，利用项目设计的方法学优势和全方位质量控制来进行快速、准确分型。利用该技术可一次性同时检测大量样品，实现高通量检测，每张芯片可印制数百至数千份样品，从而体现了芯片的技术优势。
此外，HLA基因分型芯片检测技术还开发了具有强大功能和高度自动化的程序和软件。杂交结果阴阳性判断程序可以同时完成HLA-A/B/DRB1三个区的杂交结果判读工作。程序运行结束后会生成杂交阴阳性判读的结果文件，利用该文件所包括的信息，分型软件便可以给出最终的分型结果。
该项目负责人表示，通过该项目的程序和软件可进行高通量的HLA分型，每批的分型样品数量可高达数千份，可在无需试验人员主观干预的情况下实现，从而使判型过程快速简便，判型结果客观准确。, http://www.100md.com