濒危植物元宝山冷杉的遗传多样性研究.pdf
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2006年2月23日
| 第1页 |
参见附件(146KB,4页)。
2 7 0 生 物 多 样 性 B i o d i v e r s i t y S c i e n c e l 2卷
准确性 , 又具有 P C R的高效性等优点。本研究采用
A F L P分子标记技术检测了元宝山冷杉种群的遗传
多样性, 旨在了解元宝山种群的遗传变异水平, 从而
更清楚地认识元宝山冷杉的生存潜力和濒危程度,为采取有针对性的挽救和保护措施提供科学的依
据。
l 材料方法
1 . 1 取 样
元宝山冷杉种群集中分布在元宝山的冷杉坪
内, 迷路坪、 铁杉顶、 白石坪等地也有少量分布, 分布
范围海拔 1 7 0 0— 2 0 5 0 m。2 0 0 1年 6月底, 在 4个相
对独立的小地点选取元宝山冷杉高 2 m以上的植
株, 取样个体数量取决于群体规模。取样时个体间
距尽可能大, 以避免同宗后代。共采集 4 3株个体,并依次编号。1 —2 2号采自厘杉坪, 2 3 _2 5号采 自
迷路坪, 2 6 —3 0号采自铁杉顶, 3 1 _ _ 4 3号采自白石
坪。每株取一枝带幼叶的小枝条, 插于水中带回实
验室, 取其幼叶用于 D N A提取。
1 . 2 DN A提取
采用 C T A B法( D o y l eD o y l e ,1 9 8 7 ) 提取基因
组总 D N A, 但6 5 ~ C 保温时间延长到 3 h 。用玻璃奶
纯化总 D NA。
1 . 3 AFL P分析
A F L P分析参照 V o s e t a 1 . ( 1 9 9 5 ) 的方法略有修
改。基因组总D N A用两种限制性内切酶( E c o R I 和
Ms e I ) 在3 7 ℃保温2 h , 接着在6 5 ℃保温2 h进行双
酶切; 限制性酶切消化后, 用 T 4 D N A连接酶在2 0 ℃
保温 1 6 h将酶切片段连接到双链E c o R I 和Ms e I 接
头( V o s e t a 1 . , 1 9 9 5 ) 上; 连接产物用预扩增引物进
行预扩增。预扩增产物稀释 1 0倍后, 进行选择性扩
增。从 2 4对引物组合中筛选出4对引物组合: E —
ACA M— CTr,E— AACM— CTY, E— AACM— CTG, E—
A C A M— C A T进行正式选择性扩增, 其中E c o R I引
物的5 端用荧光染料进行标记, 扩增时 E c o R I 引物
和Ms e I 引物的最终浓度分别为0 . 1 f x mo l L和 0 . 5
f x mo l L 。选择性 P C R扩增程序为: 9 4 ℃ 0 . 5 m i n,6 5 ~ C 0 . 5 m i n , 7 2 ℃ 1 mi n, 以后每个循环退火温度
降低0 . 7 ℃ , 共 1 3个循环; 接 2 3个循环, 每个循环
9 4 ℃ 0 . 5 mi n, 5 6 ~ C 0 . 5 mi n , 7 2 ℃ 1 mi n 。选择性扩
增产物在 6 %的变性聚丙烯酰胺凝胶上, 在 自动测
序仪( A B I 3 7 7 ) 上分离检测, 得到 A F L P的 D N A指
纹图谱。
1 . 4 数据分析
A F L P是显性标记, 同一对引物的扩增产物中,电泳迁移率一致的条带被认为具有同源性。按照在
相同迁移位置上有扩增带记为 1 、 无带为 0的方法
记录电泳谱带, 建立 A F L P表型数据矩阵用于进一
步分析。用 P O P G E N E 3 2( Y e h e t a 1 . ,1 9 9 7 ) 软件
计算分析多态位点百分比率( P P ) 、 种群基因多样
性值 ( )( N e i ,1 9 7 3) 、 S h a n n o n多样性指数 ( , )
( L e w o n t i n , 1 9 7 2)和 亚 种 群 间遗 传 距 离 ( N e i ,1 9 7 2 ) 。用 N T S Y S — P C 2 . 1 0( R o h l f , 1 9 9 4) 软件计算
样品间的 N e i和 L i相似性 系数 5 n( N e i L i ,1 9 7 9 ) , 并进行 U P G MA法聚类分析。
2 结果
2 . 1 遗传 多样性
4对引物组合: E — A C A M— C T Y , E — A A C M— C T Y ,E — A A C M— C T G, E — A C A M— C A T对元宝山冷杉种群
内选取的4 3个样品, 分别扩增得到6 5 、 6 9 、 6 3和6 4
条清晰的带( 共2 6 1条) , 分子量在 5 O b p至 5 0 0 b p
之间, 平均每对引物可扩增出 6 5 . 3个条带。其中
1 3 3条是多态性带, 多态位点百分 比率 ( P P )=
5 0 . 9 6 。基因多样性值( ) 为0 . 1 5 1 0 , 种群的 S h a n —
n o n多样性指数( , )为0 . 1 7 3 5 。以4处采样地点作
为亚种群进行分析, 亚种群间的遗传关系见表 1 。4
个亚种群之间的遗传距离很小, 在0 . 0 2 8 7与0 . 0 6 3 5
之间。另外也没有发生带型的固定, 即每一种带型
都是4个采样地点共同具有的。从以上结果可看
出, 在4个亚种群间没有明显的遗传分化。
2 . 2 样品间的遗传关系
个体间相似性系数越大, 遗传( 亲缘) 关系越
近; 反之, 遗传关系越远。元宝山冷杉种群内抽样的
4 3个个体之间的相似性系数值都很大, 样品间的
N e i 和 L i 相似性系数在0 . 8 7 7— 0 . 9 9 4之间, 说明它
们的遗传相似性程度很高, 。利用 U P G MA法对各
样品( 4 3个个体) 基于 N e i 和 L i 相似性系数进行聚
类分析, 得到的树状图见图 1 。U P G MA聚类可将种
群内抽样的个体都区分开来, 因为个体之间的遗传
相似性高, 它们没有按亚种群被聚合为4群。反映
出元宝山冷杉的遗传多样性较低, 4个亚种群间没
有明显的遗传分化。
维普资讯 http:www.cqvip.com 2期 王燕等:濒危植物元宝山冷杉的遗传多样性研究
图1 基于 N e i · L i 相似性系数的4 3个元宝山冷杉植株的 U P G MA聚类分析树状图
Fi g . 1 A UPGMA d r a n dr o g r a m o f t he 43 i n di v i du a l s o f Ab i e s y u an b a o s h an e n s i s b as e d o r l t h e Ne i a n d Li s i mi l a r i t y c o e f f i c i e n t
3 讨论
反映元宝山冷杉的遗传多样性的三个指标为:
多态性比率 P=5 0 . 9 6 %, N e i S基因多样性值 H=
0 . 1 5 1 0 , S h a n n o n多样性指数 , =0 , 1 7 3 5 。与一些裸
子植物的R A P D或 I S S R数据资料进行间接比较( 表
2 ) ......
准确性 , 又具有 P C R的高效性等优点。本研究采用
A F L P分子标记技术检测了元宝山冷杉种群的遗传
多样性, 旨在了解元宝山种群的遗传变异水平, 从而
更清楚地认识元宝山冷杉的生存潜力和濒危程度,为采取有针对性的挽救和保护措施提供科学的依
据。
l 材料方法
1 . 1 取 样
元宝山冷杉种群集中分布在元宝山的冷杉坪
内, 迷路坪、 铁杉顶、 白石坪等地也有少量分布, 分布
范围海拔 1 7 0 0— 2 0 5 0 m。2 0 0 1年 6月底, 在 4个相
对独立的小地点选取元宝山冷杉高 2 m以上的植
株, 取样个体数量取决于群体规模。取样时个体间
距尽可能大, 以避免同宗后代。共采集 4 3株个体,并依次编号。1 —2 2号采自厘杉坪, 2 3 _2 5号采 自
迷路坪, 2 6 —3 0号采自铁杉顶, 3 1 _ _ 4 3号采自白石
坪。每株取一枝带幼叶的小枝条, 插于水中带回实
验室, 取其幼叶用于 D N A提取。
1 . 2 DN A提取
采用 C T A B法( D o y l eD o y l e ,1 9 8 7 ) 提取基因
组总 D N A, 但6 5 ~ C 保温时间延长到 3 h 。用玻璃奶
纯化总 D NA。
1 . 3 AFL P分析
A F L P分析参照 V o s e t a 1 . ( 1 9 9 5 ) 的方法略有修
改。基因组总D N A用两种限制性内切酶( E c o R I 和
Ms e I ) 在3 7 ℃保温2 h , 接着在6 5 ℃保温2 h进行双
酶切; 限制性酶切消化后, 用 T 4 D N A连接酶在2 0 ℃
保温 1 6 h将酶切片段连接到双链E c o R I 和Ms e I 接
头( V o s e t a 1 . , 1 9 9 5 ) 上; 连接产物用预扩增引物进
行预扩增。预扩增产物稀释 1 0倍后, 进行选择性扩
增。从 2 4对引物组合中筛选出4对引物组合: E —
ACA M— CTr,E— AACM— CTY, E— AACM— CTG, E—
A C A M— C A T进行正式选择性扩增, 其中E c o R I引
物的5 端用荧光染料进行标记, 扩增时 E c o R I 引物
和Ms e I 引物的最终浓度分别为0 . 1 f x mo l L和 0 . 5
f x mo l L 。选择性 P C R扩增程序为: 9 4 ℃ 0 . 5 m i n,6 5 ~ C 0 . 5 m i n , 7 2 ℃ 1 mi n, 以后每个循环退火温度
降低0 . 7 ℃ , 共 1 3个循环; 接 2 3个循环, 每个循环
9 4 ℃ 0 . 5 mi n, 5 6 ~ C 0 . 5 mi n , 7 2 ℃ 1 mi n 。选择性扩
增产物在 6 %的变性聚丙烯酰胺凝胶上, 在 自动测
序仪( A B I 3 7 7 ) 上分离检测, 得到 A F L P的 D N A指
纹图谱。
1 . 4 数据分析
A F L P是显性标记, 同一对引物的扩增产物中,电泳迁移率一致的条带被认为具有同源性。按照在
相同迁移位置上有扩增带记为 1 、 无带为 0的方法
记录电泳谱带, 建立 A F L P表型数据矩阵用于进一
步分析。用 P O P G E N E 3 2( Y e h e t a 1 . ,1 9 9 7 ) 软件
计算分析多态位点百分比率( P P ) 、 种群基因多样
性值 ( )( N e i ,1 9 7 3) 、 S h a n n o n多样性指数 ( , )
( L e w o n t i n , 1 9 7 2)和 亚 种 群 间遗 传 距 离 ( N e i ,1 9 7 2 ) 。用 N T S Y S — P C 2 . 1 0( R o h l f , 1 9 9 4) 软件计算
样品间的 N e i和 L i相似性 系数 5 n( N e i L i ,1 9 7 9 ) , 并进行 U P G MA法聚类分析。
2 结果
2 . 1 遗传 多样性
4对引物组合: E — A C A M— C T Y , E — A A C M— C T Y ,E — A A C M— C T G, E — A C A M— C A T对元宝山冷杉种群
内选取的4 3个样品, 分别扩增得到6 5 、 6 9 、 6 3和6 4
条清晰的带( 共2 6 1条) , 分子量在 5 O b p至 5 0 0 b p
之间, 平均每对引物可扩增出 6 5 . 3个条带。其中
1 3 3条是多态性带, 多态位点百分 比率 ( P P )=
5 0 . 9 6 。基因多样性值( ) 为0 . 1 5 1 0 , 种群的 S h a n —
n o n多样性指数( , )为0 . 1 7 3 5 。以4处采样地点作
为亚种群进行分析, 亚种群间的遗传关系见表 1 。4
个亚种群之间的遗传距离很小, 在0 . 0 2 8 7与0 . 0 6 3 5
之间。另外也没有发生带型的固定, 即每一种带型
都是4个采样地点共同具有的。从以上结果可看
出, 在4个亚种群间没有明显的遗传分化。
2 . 2 样品间的遗传关系
个体间相似性系数越大, 遗传( 亲缘) 关系越
近; 反之, 遗传关系越远。元宝山冷杉种群内抽样的
4 3个个体之间的相似性系数值都很大, 样品间的
N e i 和 L i 相似性系数在0 . 8 7 7— 0 . 9 9 4之间, 说明它
们的遗传相似性程度很高, 。利用 U P G MA法对各
样品( 4 3个个体) 基于 N e i 和 L i 相似性系数进行聚
类分析, 得到的树状图见图 1 。U P G MA聚类可将种
群内抽样的个体都区分开来, 因为个体之间的遗传
相似性高, 它们没有按亚种群被聚合为4群。反映
出元宝山冷杉的遗传多样性较低, 4个亚种群间没
有明显的遗传分化。
维普资讯 http:www.cqvip.com 2期 王燕等:濒危植物元宝山冷杉的遗传多样性研究
图1 基于 N e i · L i 相似性系数的4 3个元宝山冷杉植株的 U P G MA聚类分析树状图
Fi g . 1 A UPGMA d r a n dr o g r a m o f t he 43 i n di v i du a l s o f Ab i e s y u an b a o s h an e n s i s b as e d o r l t h e Ne i a n d Li s i mi l a r i t y c o e f f i c i e n t
3 讨论
反映元宝山冷杉的遗传多样性的三个指标为:
多态性比率 P=5 0 . 9 6 %, N e i S基因多样性值 H=
0 . 1 5 1 0 , S h a n n o n多样性指数 , =0 , 1 7 3 5 。与一些裸
子植物的R A P D或 I S S R数据资料进行间接比较( 表
2 ) ......
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