微卫星分子标记在大豆中的应用.pdf
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2006年2月23日
| 第1页 |
参见附件(225KB,4页)。
第 2 l 卷 第 1 期
2 0 0 5 年 2 月
农 业 系 统 科 学 与 综 合 研 究
S YS TEM S CI ENCES AND COMPREHENSI VE S TUDI ES I N AGRI CUL TURE
Vo 1 . 21。 No. 1
F e b.。 2005
微卫星分子标记在大豆中的应用
吴俊江
( 黑龙 江省农业科学院 大豆研 究所,黑龙江 哈 尔滨 1 5 0 0 8 6 )
摘 要:微卫星分子标记具有重复性好、多态性高、共显性等特点而在大豆中广泛应用。对微卫星分子标记在大豆分子遗
传图谱构建 、分子标记辅助选择 、遗传多样性及遗传距离分析 、品种鉴别等方面进行介绍 ,为该标记在大豆中的更好应用
提供理论参考依据。参2 7 。
关键词:大豆;微卫星序列;分子标记
中图分类号 : 5 6 5 . 1 0 3 . 2 文献标识码 :A 文章编号 :1 0 0 1 一O O 6 8( 2 0 O 5 )O 1 —0 0 1 6 —0 4
Th e u s a g e o f mi c r o s a t e l l i t e mo l e c ul a r ma r kmg i n s o y be a n
、wu J u n - j i a n g
( T h e 肌 l n s t t u t e o f 如 A g r c u t u r a S c e n c e A c a d e m y ,H a r b n 1 5 0 0 8 6 ,C h i n a )
Ahs l ~e t : Mi c r o s a t e l l l t e mo l e c u l a rma r k i n gi swi d e l y u s e di n s o y b e a nf o ri t s c h a r a c t e r i s t ic s o fg o o d r e p e t it i o n.t r i g h p o l y mor ph i s m a nd c o d o r I l i —
i l a ac e I n t h i s p a p er ,f ir e u s a g e o f mi c r o s a t e l l i t e m o l e c u l a r mar k i n g i n s oy b e a n g e n e t ic ma p p i n g c o n s t r uc t i o n,a c c e s s o r ia l s el e c t i o n b y mo l e cu l a r
ma r k i n g ,g e n e t i c d i v e r s i t y,g en e t i c d is t a n c e a n a l y s i s ,v a r i e t y i d e n t i f i c a t i o n a l e i n t r od u c e d i n o r d e r t o b r i n g d a e o r e t i c r e f e r e n c e b a s i s .
Ke y wo r d s :s oy b e a n ; mi c r o s a t e l l i t e s e q u e n c e ;m o l e cu la r ma r k i n g
1 前言 2 微卫星序列在大豆基因组中的分布
在 苎 警 芋 构 差 宴l … O % : 特点 及微卫星分子标记的基本特征 2 0 % , 其余大部分为重复序列。重复序列包括散在 。 。 。
重复序列和串联重复序列。串联重复序列又可分为
卫星序列 、小卫星序列和微卫星序列。
微卫 星序 列又 称简单 序 列重 复 ( S i m p l e S e —
q u e n c e R e p e a t ,S S R ) ,是指 由 1 ~6个核苷酸组成的
短序列首尾相连重复几到几十次不等,构成的一段
D N A,现已证 明存在于绝 大多数真核生物基因组
中【 , 。微卫星分子标记【 , ] 又称 S S R标记 ,是针
对微卫星序列的特点,用人工合成的寡核苷酸作为
探针,探测高变异位点。现多用微卫星两侧保守序
列作为引物 ,进行 P C R扩增 ,经琼脂糖或聚丙烯
酰胺凝胶电泳,找到差异片段【 . 6 J 。
对微卫星分子标记的研究始于动物基因组[ ,在农作物中这一技术应用相对较晚 ,但 目前已在多
种农作物中开展了这项研究。因此 ,就微卫星序列
在大豆基因组中的分布特点 、微卫星序列分子标记
的基本特征以及近几年在大豆中的应用情况作一阐
述 ,为该标记在大豆中的更好 应用提供理论参考
依据。
2 . 1 微卫星序列在大豆基因组中的分布特点
2 . 1 . 1 微卫星序列均匀、随机 、广泛地分布于大
豆基因组 ,平均间隔约 1 5 K b 。
2 . 1 . 2 微卫星序列的两侧顺序常较保守 ,在同种
而不同遗传型大豆问多相同。
2 . 2 微卫星分子标记的基本特征
2 . 2 . 1 重复性好。虽然开始筛选重复序列和引物
设计过程较慢 ,但只要引物确知,使用极为简单,结果极为稳定。
2 . 2 . 2 多态性高。多数微卫 星序列无功能作用,增加或减少几个重复序列的频率高 ,因而在品种问
具广泛位点变异,比 R F L P及 I L ~ P D分子标记具多
态性 。
2 . 2 . 3 共显性。由于微卫星序列多态性 的本质为
重复单位数 目的不同,也就导致重复片段的长度不
同。显性纯合个体与隐性纯合个体之问的差异为扩
增片段的长度的差异,不是有无的差异 ,因而可以
区分开显性纯合个体与杂合个体。
收稿 L I 期 :2 0 0 4—0 7—0 5 ;修 口期:2 0 0 4—0 9—2 0 .
基金项 目:黑龙江省青年基金项 目 ( Q C 0 3 C 2 5 ) ;国家 “ 8 6 3 ”i t ‘ 划项 } j ( 2 0 0 2 A 2 1 1 0 5 1 —2 ).
作者简介 :吴俊江 ( 1 9 7 0一) ,男,硕 土,助理研究员,从事大豆遗传育种及分子标记辅助育种
维普资讯 http:www.cqvip.com 第 1 期 吴俊江 :微卫星分子标记在大豆中的应用 1 7
2 . 2 . 4 呈孟德尔式遗传 ,因而对个体鉴定具特殊
意义。
2 . 2 . 5 分析 简便。仅需 微量组织 ,即便 D N A降
解,其也能有效地分析鉴定。
3 微卫星分子标记在大豆中的应用
3 . 1 微卫星分子标记在大豆遗传作图中的应用
到 目前为止,大豆上已有许多遗传图谱构建的
报导,其 中利用 R F L P标 记是较常用 的一 种,但
R F L P标记的局 限使大豆遗传 图谱 因所基于的群体
变化而变化。微卫星分子标记由于单个位点具有多
个等位基因,而每一遗传型中仅有一个等位基因的
特点可克服 R F L P标记的不足。A k k a y a M. S . 等 J 、Mo r g a n t e等[ 9 l 、R o n g w e n等【 m J 证实 了 S S R标记在大
豆基因组的高多态性 ......
2 0 0 5 年 2 月
农 业 系 统 科 学 与 综 合 研 究
S YS TEM S CI ENCES AND COMPREHENSI VE S TUDI ES I N AGRI CUL TURE
Vo 1 . 21。 No. 1
F e b.。 2005
微卫星分子标记在大豆中的应用
吴俊江
( 黑龙 江省农业科学院 大豆研 究所,黑龙江 哈 尔滨 1 5 0 0 8 6 )
摘 要:微卫星分子标记具有重复性好、多态性高、共显性等特点而在大豆中广泛应用。对微卫星分子标记在大豆分子遗
传图谱构建 、分子标记辅助选择 、遗传多样性及遗传距离分析 、品种鉴别等方面进行介绍 ,为该标记在大豆中的更好应用
提供理论参考依据。参2 7 。
关键词:大豆;微卫星序列;分子标记
中图分类号 : 5 6 5 . 1 0 3 . 2 文献标识码 :A 文章编号 :1 0 0 1 一O O 6 8( 2 0 O 5 )O 1 —0 0 1 6 —0 4
Th e u s a g e o f mi c r o s a t e l l i t e mo l e c ul a r ma r kmg i n s o y be a n
、wu J u n - j i a n g
( T h e 肌 l n s t t u t e o f 如 A g r c u t u r a S c e n c e A c a d e m y ,H a r b n 1 5 0 0 8 6 ,C h i n a )
Ahs l ~e t : Mi c r o s a t e l l l t e mo l e c u l a rma r k i n gi swi d e l y u s e di n s o y b e a nf o ri t s c h a r a c t e r i s t ic s o fg o o d r e p e t it i o n.t r i g h p o l y mor ph i s m a nd c o d o r I l i —
i l a ac e I n t h i s p a p er ,f ir e u s a g e o f mi c r o s a t e l l i t e m o l e c u l a r mar k i n g i n s oy b e a n g e n e t ic ma p p i n g c o n s t r uc t i o n,a c c e s s o r ia l s el e c t i o n b y mo l e cu l a r
ma r k i n g ,g e n e t i c d i v e r s i t y,g en e t i c d is t a n c e a n a l y s i s ,v a r i e t y i d e n t i f i c a t i o n a l e i n t r od u c e d i n o r d e r t o b r i n g d a e o r e t i c r e f e r e n c e b a s i s .
Ke y wo r d s :s oy b e a n ; mi c r o s a t e l l i t e s e q u e n c e ;m o l e cu la r ma r k i n g
1 前言 2 微卫星序列在大豆基因组中的分布
在 苎 警 芋 构 差 宴l … O % : 特点 及微卫星分子标记的基本特征 2 0 % , 其余大部分为重复序列。重复序列包括散在 。 。 。
重复序列和串联重复序列。串联重复序列又可分为
卫星序列 、小卫星序列和微卫星序列。
微卫 星序 列又 称简单 序 列重 复 ( S i m p l e S e —
q u e n c e R e p e a t ,S S R ) ,是指 由 1 ~6个核苷酸组成的
短序列首尾相连重复几到几十次不等,构成的一段
D N A,现已证 明存在于绝 大多数真核生物基因组
中【 , 。微卫星分子标记【 , ] 又称 S S R标记 ,是针
对微卫星序列的特点,用人工合成的寡核苷酸作为
探针,探测高变异位点。现多用微卫星两侧保守序
列作为引物 ,进行 P C R扩增 ,经琼脂糖或聚丙烯
酰胺凝胶电泳,找到差异片段【 . 6 J 。
对微卫星分子标记的研究始于动物基因组[ ,在农作物中这一技术应用相对较晚 ,但 目前已在多
种农作物中开展了这项研究。因此 ,就微卫星序列
在大豆基因组中的分布特点 、微卫星序列分子标记
的基本特征以及近几年在大豆中的应用情况作一阐
述 ,为该标记在大豆中的更好 应用提供理论参考
依据。
2 . 1 微卫星序列在大豆基因组中的分布特点
2 . 1 . 1 微卫星序列均匀、随机 、广泛地分布于大
豆基因组 ,平均间隔约 1 5 K b 。
2 . 1 . 2 微卫星序列的两侧顺序常较保守 ,在同种
而不同遗传型大豆问多相同。
2 . 2 微卫星分子标记的基本特征
2 . 2 . 1 重复性好。虽然开始筛选重复序列和引物
设计过程较慢 ,但只要引物确知,使用极为简单,结果极为稳定。
2 . 2 . 2 多态性高。多数微卫 星序列无功能作用,增加或减少几个重复序列的频率高 ,因而在品种问
具广泛位点变异,比 R F L P及 I L ~ P D分子标记具多
态性 。
2 . 2 . 3 共显性。由于微卫星序列多态性 的本质为
重复单位数 目的不同,也就导致重复片段的长度不
同。显性纯合个体与隐性纯合个体之问的差异为扩
增片段的长度的差异,不是有无的差异 ,因而可以
区分开显性纯合个体与杂合个体。
收稿 L I 期 :2 0 0 4—0 7—0 5 ;修 口期:2 0 0 4—0 9—2 0 .
基金项 目:黑龙江省青年基金项 目 ( Q C 0 3 C 2 5 ) ;国家 “ 8 6 3 ”i t ‘ 划项 } j ( 2 0 0 2 A 2 1 1 0 5 1 —2 ).
作者简介 :吴俊江 ( 1 9 7 0一) ,男,硕 土,助理研究员,从事大豆遗传育种及分子标记辅助育种
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2 . 2 . 4 呈孟德尔式遗传 ,因而对个体鉴定具特殊
意义。
2 . 2 . 5 分析 简便。仅需 微量组织 ,即便 D N A降
解,其也能有效地分析鉴定。
3 微卫星分子标记在大豆中的应用
3 . 1 微卫星分子标记在大豆遗传作图中的应用
到 目前为止,大豆上已有许多遗传图谱构建的
报导,其 中利用 R F L P标 记是较常用 的一 种,但
R F L P标记的局 限使大豆遗传 图谱 因所基于的群体
变化而变化。微卫星分子标记由于单个位点具有多
个等位基因,而每一遗传型中仅有一个等位基因的
特点可克服 R F L P标记的不足。A k k a y a M. S . 等 J 、Mo r g a n t e等[ 9 l 、R o n g w e n等【 m J 证实 了 S S R标记在大
豆基因组的高多态性 ......
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