[摘要]目的: 寻找和确定SARS病毒中高保守的蛋白，以指导针对这些高保守蛋白为药物靶的药物分子设计。 方法: 采用比较基因组的方法和PSI.Blast搜索方法分别探讨SARS病毒不同蛋白在冠状病毒属内部及在正链RNA病毒内的保守情况。 结果: 确定了SARS非结构蛋白，特别是RdRp、Hel、nsP12、nsP13等蛋白在冠状病毒属内部表现很高的序列相似性，同时它们在正链RNA病毒范围内呈现不同程度的保守性。 结论: 主要参与病毒的复制、转录及后处理过程的非结构蛋白RdRp、Hel、nsP12、nsP13的高保守性，表明与病毒扩增相关的基因调控机制的保守是病毒进化的重要特征;同时这些非结构蛋白的高保守性及功能重要性表明它们更适合作为有效的药物靶分子。

    [关键词] SARS冠状病毒;序列分析;病毒非结构蛋白质类;保守性分析;药物设计

    SARS病毒作为一种新发现的冠状病毒，被确定为引起严重急性呼吸综合征(severe acute respiratory syn-drome)的病原体 [1～3] 。它的基因组大小为29724bp[不含有Poly(A)]，基因组组成呈现典型的冠状病毒的特征 [4，5] ，编码的蛋白构成为5′.replicase.S.E.M.N.3′。其中SARS病毒的复制酶编码区占基因组序列长度的2.3，相应的转录产物在翻译时利用特有的核糖体移框(ribosomal frame shifting)机制产生两个大小不同的多蛋白体olyprotein)ORF1ab和ORF1b，然后这两个多蛋 白体又被自身编码的蛋白酶水解以产生有功能的多 肽[6] ，包括nsP1～nsP13等几个蛋白。在这些非结构蛋白中，功能已知的为nsP2、3Cpro、dRp、Hel。nsP2和3Cpro为蛋白水解酶，RdRp为RNA依赖的RNA聚合酶，Hel具有解旋酶活性。除了ORF1之外，基因组的另外1.3区域编码病毒的结构蛋白及一些潜在的小蛋白，这些结构蛋白被认为在病毒进入宿主细胞，病毒颗粒的组装和释放等过程中发挥作用。

    SARS病毒的高危害性使得人们迅速着手开发针对这一病毒的药物。到目前为止，人们主要针对3Cpro蛋白及S蛋白等为药物的靶分子进行药物设计尝试。如基于模建的3Cpro结构为靶对29种已知的药物进行了筛选，得到了一个与之高亲和的HIV.1蛋白酶的抑制剂[7] ;对SARS.S2蛋白的分析发现它与HIV.gp41具有共同的序列基序，暗示用于抗HIV的治疗策略可以用于SARS病毒的治疗 8] ;以细胞上的病毒受体如CD13作为药物靶分子也已被提出及探讨[9～11] ;同时基于siRNA的策略也在进行之中 ......