中医学特殊的“医学-哲学”模式，使得中国古代哲学与中医学的相关性研究成为了在还原基础上重新建构中医学现有体系的重要研究课题。而不同学科专业之间存在的差异，使有些研究者很难同时对两个领域的专业知识有比较全面、深入和客观地把握，因此相关性研究成果常存在盲目、夸大之嫌，过犹不及。笔者认为，中国古代哲学与中医学的相关性研究应把握以下几个基本问题。

    重新审视中医理论发展的不同时期哲学所起到的作用

    以《黄帝内经》为代表，中医理论的基本框架在先秦两汉之际基本成型，在这个过程中同时期的哲学思想起到了重要的作用，哲学中的具体学说，比如阴阳学说、五行学说、精气学说，被结合对人体生理病理现象的观察，成为了中医学建构理论框架的重要思维模式工具，因此，这个历史时期中医理论的发展，往往是从理论思维模式到实践的逐步演化，或者说在中医理论比较全面比较系统化建构之初，哲学与医疗实践同样是中医学理论建构的基石。

    先秦两汉以降，哲学与中医学结合的第二次高峰时期为宋、金、元，故《四库全书总目提要》有：“儒之门户分于宋，医之门户分于金元。”之说，宋理学以儒为基，援引道释之说，不论是其治学之风，抑或是某些具体思想，都给同时期或其后的医家以巨大影响，由《儒门事亲》、《格致余论》等医著之名便可见一斑。但细观此时期或者是由汉至宋这个很长历史时期内的医学著作，哲学所起到的作用与先秦两汉中医理论初始建构之时已大不相同，这段历史时期哲学所起到的作用往往是医者论述其医学观点的哲学论据，而并非是先时理论建构之际思维模式工具之用 ......