作者：姜凤超(武汉)

    摘要：本课题的主要目的是研究分析抗金黄色葡萄球菌药物的结构作用.通过计算机辅助设计建立抗金黄色葡萄球菌的药效团模型的构建.初步完成得到结果，对以后临床应用和新药研发提供一定依据.。

    关键字：金黄色葡萄球菌

    金黄色葡萄球菌为一种广泛的致病菌，它引起的感染已成为发病和致死的主要原因。金黄色葡萄球菌引起的感染常常累及皮肤，包括疖、蜂窝组织炎、脓包病、各种部位的术后感染。该菌引起的较严重感染包括菌血症、肺炎、骨髓炎、急性心内膜炎、心肌炎、心包炎、大脑炎、脑膜炎、鳞状皮肤综合征以及肌肉、尿道、中枢神经系统、各种腹腔内器官的脓肿。食物中毒常因其肠毒素引起。临床上用抗生素来治疗金葡菌所引起的种种疾病，如青霉素，头孢，大环内脂，氨基糖甘类，四环素类抗生素。此外，中草药如龙牙草酚、银杏酚、矮紫玉盘素、杜鹃素、大丁草、坡模酮酸、冬凌草甲素、厚果糖松草碱、桑呋喃A、甘草香豆酮等也应用到其中。

    本文设想利用计算机辅助药物设计程序，建立源于中药有效成分的抗金黄色葡萄球菌的药效团模型，并以此模型设计和合成新型的具有抗金黄色葡萄球菌作用的低副作用的抗菌剂。

    1 计算方法

    抗金黄色葡萄球菌药效团的研究采用了MSI公司的Catalyst软件包，在SGI图形工作站上完成，主要模块包括：View Compound Workbench，View Hypothesis Workbench，Hypothesis Generation Workbench。

    1.1 化合物集结构的构建从文献调研中寻找出相关的具有抗金黄色葡萄球菌活性的26个中药有效成分(单体)，以其组成一个分子集合(见表1)，所选择的化合物满足的条件是个化合物具有相应的MIC值，而且这一组化合物的活性值在0.4415-100.07*10-5mol•L^-1之间。分子的三维结构在Catalyst中的View compound模块中完成，采用Catalyst中的2D Beautify来对化合物的二维结构进行优化；然后利用Generate Standard 3D来调整化合物的键长和键角等参数得到更加合理的三维空间结构；最后用3D Minimize 寻找其最低能量的三维空间构象。也就是通过2D Beautify、Generate Standard 3D和3D Minimize等工具将构建的所有化合物结构进行逐个优化。 ......