从《内经》中可以看出，上古的先哲们已认识到世界的物质性和整体恒动性，创立了完整的哲学、理则学(即语言思辩科学—逻辑学—包括形式逻辑、辨证逻辑、数理逻辑)等综合的认识论和方法论体系——五运阴阳学说，或谓之三阴三阳系统控制论。

    《素问·天元纪大论》引《太始天元册》云：“太虚寥廓，肇基化元，万物资始，五运终天，布气真灵，总统坤元。九星悬朗，七曜周旋。曰阴曰阳，曰柔曰刚，幽显既位，寒暑弛张，生生化化，品物咸章。”这里不仅有形式逻辑、辨证逻辑的运用，更有数理逻辑的运用——内经把万物生数全归于五，气数全统于三，这遵循了逻辑确定性原则和辨证法原理。强调三阴三阳决定论而不是阴阳二元论，是因为万物的发生、成形、有质、有象、由量变到质变，必须符合五运阴阳的恒数常数，万物的变化必因于这些恒常数的存在而有规律可循。

    四时阴阳变化产生了物种物类，又决定着这些品物的运动变化。那么 ......