国外分子生物学免费软件的索取及应用
作者：黄庆 府伟灵 张雪
单位：第三军医大学西南医院检验科 重庆，400038
关键词：
中华检验医学杂志000637 一、分子生物学免费软件Internet资源热点
目前，国外最常用的档案文件库有2个[1，2]：印第安那州大学生物所(IUBio)和欧洲生物情报协会(EBI)。它们不仅保存了大量的分子生物学免费软件及相应资料，而且还可访问许多软件的主页。IUBio、EBI及其他类似的部分档案文件库统一资源定位符(URL)地址见表1。
表1 常见分子生物学免费软件档案文件库URL地址 名称
URL地址
, 百拇医药
IUBio
http://iubio.bio.indiana.edu/、ftp://iubio.bio.indiana.edu/
EBI
http://www.ebi.ac.uk/、ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/software/
DBcat
http://www.ebi.ac.uk/biocat/biocat.html
BisMed
http://www.bis.med.jhmi.edu/Dan/software/softsearch1.html
, 百拇医药
BioPhys
http://www.biophys.mpg.de/～lancaster/
software/comp_prog.html
NCBI
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/
ExPASy
http://expasy.hcuge.ch/、http://www.expasy.ch
二、分子生物学免费软件Internet查询与索取技巧
当知道软件名称及网址时，可直接从其网站下载。当不知道软件网址时，就可以通过各类搜索引擎进行查询(表2)。以软件名称或其他关键词进行搜索，如Oligo或molecular biological software，即可查询到Oligo软件或许多分子生物学软件网址。表2 各类常用医学或通用网络搜索引擎URL地址 名称
, 百拇医药
URL地址
Medical Matrix
http://www.medmatrix.org
MedExplore
http://www.medexplore.com
MedScape
http://www.medscape.com
Yahoo
http://www.yahoo.com/
Altavista
, 百拇医药 http://www.altavista.digital.com/
网易
http://www.163.com
索取软件的方式通常有以下几种：IE、Netscape等网页浏览器通过HTTP或FTP方式直接从软件网站下载；在软件网站登记注册，直接索取软件光盘或软盘；通过电子邮件索取。
三、分子生物学免费软件的应用
分子生物学免费软件应用范围主要有[2]：研究资料收集整理(如序列查询、文献检索)、序列分析和实验设计(如引物设计、同源序列比较)、实验数据统计和分析(如电泳条带定量分析、数据统计分析作图)、论文写作和发表(如文献引用、绘制克隆策略图谱)。
1.软件的安装与使用：索取到的软件一般均有安装和使用说明，部分软件还提供操作指南。经常访问软件的原始网站，或者参加部分软件网站所提供的邮件列表组，可及时了解软件是否升级和其他相关信息。
, http://www.100md.com
2.多平台软件和客户端服务器软件是分子生物学免费软件的一个发展方向。目前存在多种计算机操作系统，如MS Window、Unix、Mac OS等，Java语言开发系统(http://www.javasoft.com)的出现有望开发多平台操作系统软件，如Licor(http://www.licor.com)可同时运行于上述3种操作系统。此外，还有将用户界面从应用程序中分离出来的基于网页界面的客户端服务器软件，如SeqPup(ftp:// iubio.bio.indiana.edu/molbio/seqpup/)和EMBOSS(http://www.sanger.ac.uk/ Software/EMBOSS/)。
3.软件的版权及论文索引问题：大部分分子生物学免费软件的版权属于软件作者或出版商，使用者只具有免费使用的权利，因此无权将其用于任何商业用途。若某项研究或发表论文涉及软件的应用，则存在文献索引问题。与普通参考文献相似，部分软件有相关文献直接引用，而另一些则没有。就目前Internet的使用情况而言，一般大部分软件可在10年或更长的时间内保存于相同URL地址。因此对于后者若在杂志及卷号部分引用软件URL地址对于文献查阅是非常有用的[2]。
, 百拇医药
4.向软件作者致谢：主要有3种方式：发表论文中致谢；软件档案文件库中致谢；直接以电子邮件方式向软件作者致谢。这样，一方面承认了软件在研究中的作用，另一方面可激励软件作者进一步开发软件的功能。
参考文献
1，Peruski LF, Peruski AH. Software, news, and information. In: Peruski LF, Peruski AH, eds. Internet and the new biology: tools for genomic and molecular research. Washington:Library of Congress Cataloging-in-Publication Data, 1997.185-205.
2，Gilbert D. Free software in molecular biology for macintosh and MS windows computers (http://iubio.bio.indiana.edu/soft/molbio/Listings.html).Indiana University Biology Department (http://iubio.bio.indiana.edu/)， 1999.
(收稿日期：2000-03-09), 百拇医药
单位：第三军医大学西南医院检验科 重庆，400038
关键词：
中华检验医学杂志000637 一、分子生物学免费软件Internet资源热点
目前，国外最常用的档案文件库有2个[1，2]：印第安那州大学生物所(IUBio)和欧洲生物情报协会(EBI)。它们不仅保存了大量的分子生物学免费软件及相应资料，而且还可访问许多软件的主页。IUBio、EBI及其他类似的部分档案文件库统一资源定位符(URL)地址见表1。
表1 常见分子生物学免费软件档案文件库URL地址 名称
URL地址
, 百拇医药
IUBio
http://iubio.bio.indiana.edu/、ftp://iubio.bio.indiana.edu/
EBI
http://www.ebi.ac.uk/、ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/software/
DBcat
http://www.ebi.ac.uk/biocat/biocat.html
BisMed
http://www.bis.med.jhmi.edu/Dan/software/softsearch1.html
, 百拇医药
BioPhys
http://www.biophys.mpg.de/～lancaster/
software/comp_prog.html
NCBI
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/
ExPASy
http://expasy.hcuge.ch/、http://www.expasy.ch
二、分子生物学免费软件Internet查询与索取技巧
当知道软件名称及网址时，可直接从其网站下载。当不知道软件网址时，就可以通过各类搜索引擎进行查询(表2)。以软件名称或其他关键词进行搜索，如Oligo或molecular biological software，即可查询到Oligo软件或许多分子生物学软件网址。表2 各类常用医学或通用网络搜索引擎URL地址 名称
, 百拇医药
URL地址
Medical Matrix
http://www.medmatrix.org
MedExplore
http://www.medexplore.com
MedScape
http://www.medscape.com
Yahoo
http://www.yahoo.com/
Altavista
, 百拇医药 http://www.altavista.digital.com/
网易
http://www.163.com
索取软件的方式通常有以下几种：IE、Netscape等网页浏览器通过HTTP或FTP方式直接从软件网站下载；在软件网站登记注册，直接索取软件光盘或软盘；通过电子邮件索取。
三、分子生物学免费软件的应用
分子生物学免费软件应用范围主要有[2]：研究资料收集整理(如序列查询、文献检索)、序列分析和实验设计(如引物设计、同源序列比较)、实验数据统计和分析(如电泳条带定量分析、数据统计分析作图)、论文写作和发表(如文献引用、绘制克隆策略图谱)。
1.软件的安装与使用：索取到的软件一般均有安装和使用说明，部分软件还提供操作指南。经常访问软件的原始网站，或者参加部分软件网站所提供的邮件列表组，可及时了解软件是否升级和其他相关信息。
, http://www.100md.com
2.多平台软件和客户端服务器软件是分子生物学免费软件的一个发展方向。目前存在多种计算机操作系统，如MS Window、Unix、Mac OS等，Java语言开发系统(http://www.javasoft.com)的出现有望开发多平台操作系统软件，如Licor(http://www.licor.com)可同时运行于上述3种操作系统。此外，还有将用户界面从应用程序中分离出来的基于网页界面的客户端服务器软件，如SeqPup(ftp:// iubio.bio.indiana.edu/molbio/seqpup/)和EMBOSS(http://www.sanger.ac.uk/ Software/EMBOSS/)。
3.软件的版权及论文索引问题：大部分分子生物学免费软件的版权属于软件作者或出版商，使用者只具有免费使用的权利，因此无权将其用于任何商业用途。若某项研究或发表论文涉及软件的应用，则存在文献索引问题。与普通参考文献相似，部分软件有相关文献直接引用，而另一些则没有。就目前Internet的使用情况而言，一般大部分软件可在10年或更长的时间内保存于相同URL地址。因此对于后者若在杂志及卷号部分引用软件URL地址对于文献查阅是非常有用的[2]。
, 百拇医药
4.向软件作者致谢：主要有3种方式：发表论文中致谢；软件档案文件库中致谢；直接以电子邮件方式向软件作者致谢。这样，一方面承认了软件在研究中的作用，另一方面可激励软件作者进一步开发软件的功能。
参考文献
1，Peruski LF, Peruski AH. Software, news, and information. In: Peruski LF, Peruski AH, eds. Internet and the new biology: tools for genomic and molecular research. Washington:Library of Congress Cataloging-in-Publication Data, 1997.185-205.
2，Gilbert D. Free software in molecular biology for macintosh and MS windows computers (http://iubio.bio.indiana.edu/soft/molbio/Listings.html).Indiana University Biology Department (http://iubio.bio.indiana.edu/)， 1999.
(收稿日期：2000-03-09), 百拇医药