林卡帅?邱月?董兰?周姗姗?黄俊?秦曙光?何凤

    【摘要】目的 探討长链非编码 RNA(lncRNA)在糖尿病肾病(DN)发生发展中的作用。方法 收集临床肾活组织检查标本，采用RNA-seq 测序技术检测DN组与正常对照组(NC组)肾组织中差异表达的lncRNA及mRNA。通过 GO、KEGG数据库分析差异表达mRNA的生物学功能，并通过共表达网络分析预测差异表达lncRNA的相互作用基因。采用实时荧光定量 PCR(qRT-PCR)检测目标lncRNA、mRNA 在DN肾组织中的相对表达水平。结果 RNA-seq 测序结果表明，与NC组相比，DN组共有353个差异表达的lncRNA，其中224个表达上调，129个表达下调。qRT-PCR 结果显示，DN组中CRNDE、PVT1和 BLZF2P 相对表达水平较NC组升高(P均 2)处理数据以选择差异表达基因(DEG)。此外，分别采用GO、KEGG数据库进行功能和信号通路富集分析。使用R软件“ggplot2”“easygplot2”软件包，通过dotplot和joyplot将KEGG结果中最丰富的信号通路(调整后的P < 0.01)可视化。Cytoscape(版本3.6.0)用于基于差异表达的lncRNA和mRNA进行共表达网络分析。

    四、统计学处理

    采用SPSS 22.0进行统计学分析，DN组与NC组肾组织组间差异采用独立样本t检验。差异表达的lncRNA与mRNA之间关系采用Spearman秩相关分析。P < 0.05为差异有统计学意义。

    结果

    一、lncRNA CRNDE在人DN肾组织中表达上调

    DN组与NC组间鉴定出353条差异表达的lncRNA，与NC组相比，DN组中有224条表达上调，129条表达下调。其中以 |log2FC| ≥2且P≤ 0.01为筛选条件，选取了DN组中显著差异表达的上调和下调各20条lncRNA，见图1A。同时，图1B的火山图显示了DN组与NC组间总的差异表达的lncRNA。进一步，采用qRT-PCR对样本进行验证，与测序结果一致，PVT1(t = -12.518，P < 0.001)、CRNDE(t = -13.964，P < 0.001)和BLZF2P(t = -12.817，P < 0.001)的表达水平在DN组中相对NC组上升，而ST13P6(t = 11.409 ......