核因子κB受体活化因子配体联合巨噬细胞集落刺激因子诱导破骨细胞分化过程中的蛋白—蛋白相互作用网络的研究(2)
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参见附件。
RANKL联合M-CSF共同诱导小鼠单核细胞系RAW264.7(诱导72 h)的原始的公共基因芯片数据
GES16749由NCBI Gene Expression Omnibus(GEO)数据库提供，相关实验结果由Mann等[5]于2010年发
表。利用dCHIP软件对原始基因芯片数据进行归一化，随后比较联合刺激和对照组间的基因表达值，得到表达显著变化的基因，即和对照组相比差异大于等于10倍的基因。
1.2 PPI网络的构建
从小鼠PPI数据库NIA中下载小鼠物种中所有可能的PPI关系[6]。利用小鼠的PPI关系分析表达显著变化基因的邻接基因。利用显著变化基因的邻接基因间的相互作用关系构建RANKL联合M-CSF诱导下的PPI网络。利用统计分析软件R中的图像分析软件包iGRAPH得到PPI网络的基本参数。
1.3 PPI网络中基因的度分布
网络研究中度的定义为网络中一个节点的临边数(等价于这个节点的直接邻接节点数目)。据此笔者利用统计分析软件R分析了RANKL联合M-CSF诱导下PPI网络中每个基因的度。
1.4 PPI网络中基因的介数分析
网络研究的介数的定义为：网络中一个节点的介数等于网络中所有节点对之间通过该节点的最短路径条数。据此笔者用统计分析软件R分析了RANKL联合M-CSF诱导下PPI网络中每个基因的介数。
1.5 PPI网络中的关键分子
根据PPI网络中每个基因的度数和介数作图 ......
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