不同基因型变异链球菌临床分离株的分离和鉴定(2)
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参见附件。
引物的设计:根据GenBank提供的基因序列并参考文献,设计spaP[3]、gtfB[4]和dexA[5]特异性引物(表1),由美国Invitrogen公司中国分公司合成。
细菌基因组DNA的提取:根据参考文献[3-5]提取细菌基因组DNA,用紫外分光光度仪进行定量测定。
以基因组DNA为模板,通过合成的特异性引物,利用PCR的方法,从中钓取目的基因片段。1%琼脂糖凝胶电泳鉴定。PCR反应体系:10×Taq Buffer 5 μL,dNTP(每种核苷酸2.5 mmol·L-1)4 μL,上游引物
(25 pmol·μL-1)1 μL,下游引物(25 pmol·μL-1)1 μL,基因组DNA 1.5 μL,Taq DNA聚合酶(2 U·μL-1)
0.5 μL,加灭菌去离子水补齐至50 μL;PCR反应条件:95 ℃ 10 min,94 ℃ 1 min,55 ℃ 1 min,72 ℃ 1 min,72 ℃ 10 min,共30个循环反应。
1.5.5 基因分型鉴定[6] 使用OPA5引物[7](5’-AGG-GGTCTTG-3’)以随机引物PCR完成基因分型鉴定。
PCR反应体系:5 μL 10×Taq Buffer,300 μmol·L-1 dNTP(每种核苷酸2.5 mmol·L-1),100 pmol引物,5 μL基因组DNA,5 U Taq DNA聚合酶,加灭菌去离子水补齐至50 μL;PCR反应条件:94 ℃ 5 min,94 ℃ 1 min,36 ℃ 2 min,72 ℃ 2 min,72 ℃ 5 min ......
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