基因芯片和第二代测序是对传统技术的革新，突出优点在于：物种检测范围广，可检测正常存在的低丰度甚至痕量物种；研究定量化，序列读取杂交信号强度可以反映物种丰度信息；高通量研究，单次检测就可获得大量生物信息，第二代测序还有核酸条码同时标记和测定多个样品。另外Ahn等[12]同时用Roche二代测序和人类口腔微生物鉴定芯片研究了口腔微生物组，发现两种技术检测菌群多样性和丰度具有良好的一致性和相关性。但是二者又各具特点，基因芯片是封闭结构，只能检测已知的序列，探针设计、芯片制作复杂，但是后续“模拟”数据处理相对容易，可用于已知微生物群落的常规研究，且费用较低。第二代测序是开放结构，优势在于可以寻找发现新的生物信息，待测样品制备容易，但是“数字”数据提取处理复杂，费用较高，主要用于未知环境微生物群落结构、生态功能的深度研究，因此应根据不同的研究需要合理选择。

    2 口腔微生物宏基因组

    口腔是人体微生物定植生存的重要生态区，口腔微生物不仅有细菌，还包括真菌、病毒、螺旋体及古细菌等。口腔多层次多位点的微生态区定植着显著不同的微生物群落 ......