基于系统药理学的茵陈作用机制研究(3)
2.2 茵陈有效化合物-靶标蛋白网络分析
共导出靶标蛋白189个，见表2(表中，由于1个蛋白可能对应多个编码基因，故对应的Uniprot ID可能不止1个；同时，由于有的蛋白编码基因未收录在UniGene数据库中，故无对应的Uniprot ID)。将其信息导入Cytoscape 3.5.1软件后，得茵陈有效化合物-靶标蛋白网络，见图1。该网络共202个节点、368条边。其中，最内圈及中点13个节点代表茵陈有效化合物，中间圈51个节点和最外圈138个节点代表靶标蛋白。最外圈节点是度值为1的靶标蛋白，中间圈节点是度值≥2的靶标蛋白(为多个化合物共同作用的靶标蛋白)。网络拓扑学分析结果显示，其网络集中度为0.746、网络密度为0.018、网络异质性为3.184、最短路径为40 602。节点的平均度值为3.625，大于该平均度值的节点有38个；节点平均中介中心度为0.008，大于该平均中介中心度的节点有20个。根据网络节点度值和中介中心度等拓扑学性质筛选核心节点并进行分析。结果显示，槲皮素、β-谷甾醇、异鼠李素、Artepillin C、茵陈黄酮、泽兰素、茵陈色原酮、4′ -甲基茵陈色原酮等有效化合物与前列腺素G/H合成酶2(PTGS2)、热休克蛋白90(HSP90)、二肽基肽酶Ⅳ、蛋白激酶A催化亚基Cα、PTGS1、胰蛋白酶原1(PRSS1)、钠通道蛋白5型α亚基(SCN5A)、雄激素受体(AR)、核受体共激活因子2(NCOA2)、凝血酶、醛糖还原酶等靶标蛋白在整个网络中具有重要的枢纽作用 ......
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