基于Met/PI3K/Akt信号通路研究五味子甲素对人鼻咽癌细胞HONE-1增殖、迁移和侵袭的影响(3)
2.5 计算机分子对接分析五味子甲素与Met蛋白的结合能力从在线数据库PubChem Compound(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pccompound/)中下载五味子甲素的三维结构文件(SDF格式)。从在线数据库Protein Data Bank(PDB,https://www.rcsb.org/)中下载Met蛋白的晶体结构文件(该蛋白在PDB数据库的检索ID号:3DKF)。将Met蛋白的晶体结构文件导入到SYBYL 1.3软件中,删除原配体、修复氨基端和羧基端的黏性末端后,以自动识别模式根据蛋白序列鉴定蛋白的活性口袋;再导入五味子甲素的三维结构文件,以柔性对接模式进行对接。根据结合评分(C-score:0~5)判断分子与蛋白活性口袋结合的稳定性,C-score在4~5分范围则可认为分子与蛋白能够稳定结合[11]。
2.6 Western blotting法检测细胞中Met/PI3K/Akt信号通路相关蛋白的表达情况
将细胞按“2.2”项下方法消化、离心、收集并重悬 ......
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