黄花蒿EST资源的SSR信息分析及标记开发
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[摘要]目的：研究黄花蒿Artemisia annua EST-SSRs的分布频率及核苷酸重复特征，开发微卫星(microsatellites)标记，为黄花蒿种质资源利用提供理论依据与技术支持。方法：NCBI下载黄花蒿94 923条EST序列经组装后去除冗余，MISA获得EST-SSRs序列，分析EST-SSRs组成特点和分布规律。Pfam2go注释黄花蒿SSR-ESTs数据集，GOSlim程序对注释结果进行分类。Primer3程序设计18对SSR引物扩增黄花蒿基因组DNA，聚丙烯酰胺凝胶电泳检测多态性。结果：黄花蒿拼接组装后获得24 601条序列，含2 110个SSR，出现频率为86%，其中二、三核苷酸重复分别占28%，504%，三核苷酸重复中ACC/GGT为主要类型，占98%。312条黄花蒿SSR-ESTs序列被功能注释。15对引物建立了合适的PCR反应体系，在36个黄花蒿样品中扩增呈现良好多态性。结论：黄花蒿EST-SSR基元类型丰富，在检测的18对引物中有效扩增和多态性均较高，根据EST资源规模开发SSR标记是可行的，为进一步开展黄花蒿种质资源的研究奠定了基础。
[关键词]黄花蒿；EST；SSR标记
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