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编号:13175409
丹参2—C—甲基—D—赤藓糖醇 2,4—环焦磷酸合成酶(SmMCS)基因全长克隆及其生物信息学分析(3)
http://www.100md.com 2012年11月15日 《中国中药杂志》 2012年第22期
     3.3 理化性质与3D结构预测 使用ExPASy 在线服务器的Compute pI/Mw 工具预测,SmMCS的相对分子质量24.6 kDa,等电点pI 8.53。亚细胞定位结果表明定位于叶绿体。信号肽分析表明为非分泌蛋白,无信号肽,跨膜域分析为非膜蛋白。使用predictprotein进行二级结构预测结果表明,在N-末端蛋白中有α-螺旋结构,占 37.18%,β-折叠占13.68%, 无规则卷曲占49.15%。蛋白质的功能很大程度上取决于其空间结构,其中无规卷曲结构决定了蛋白质,尤其是酶的功能部位常常位于这种构象区域,而α-螺旋主要功能是对蛋白质骨架的稳定作用,通过对蛋白质二级与三级结构预测和分析,有助于理解该蛋白质功能与结构之间的关系[13]。从图中可以看出,SmMCS基因预测的编码蛋白质二级结构与三级结构预测结果相符合,用于建立该模型的氨基酸残基范围为76~234位, 该模型以2pmpA蛋白为模板,序列同源性为90.57% ......
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