蛋白质组不同于基因组，是动态的，具有时空性和可调节性，能反映某基因的表达时间、表达量，以及蛋白质翻译后的加工修饰和亚细胞分布等。蛋白质组学研究常用的生物技术包括双相电泳，ESI-MS和MALDI-TOF-MS，LS-MS-MS和蛋白质芯片等。不同的环境生态因子能够诱导基因表达产物的变化，从而出现差异表达蛋白，影响次生代谢产物形成与积累。蛋白质组学的研究有助于对中药材有效成分合成与积累以及道地中药材形成的深层次规律的诠释。例如，孙年喜等[12]发现高温及低湿的环境条件有利于青蒿素的累积，叶殿秀等[13]发现较低的环境温度有利于西洋参根量的增加和人参皂苷的积累，Le Zhao等[14]研究了重金属镉对超富集植物美洲商陆叶蛋白质组的影响，Alieu Mohamed Bah分析比较了铬、镉、铅胁迫下香蒲叶植物的蛋白质组[15]，此外还有关于植物共生细菌相互作用蛋白质组学[16]以及切尔诺贝利核污染地区亚麻蛋白质组[17]等的研究报道。截至2012年5月，14个常用中药药用植物在GenBank(http：//www.ncbi.nlm.nih.gov/genbank/)中注册蛋白质序列的情况见表3 ......