基于高通量测序的红豆杉EST SSRs标记研究(3)
3.5 微卫星标记的验证 采用PRIMER3软件,依据SSRs模体邻近序列设计PCR引物,总共有519条EST-SSRs获得了正向和反向引物,包括257条singletons和262条contigs,扩增产物平均长度为204 bp (Supp.1)。为了验证SSRs的准确性,本实验构建了种内小样本群体,随机挑选了10个SSRs模体,采用克隆测序的方法来验证SSRs模体序列的正确性。在随机挑选的SSRs模体中,有8个获得了Sanger测序的结果(Supp.2)。分布在FXAT9O003C3EB0上的SSR序列,在Sanger测序中重复序列为GGAGGAGGAGGAGGAGGAGGAGGAGGAGGA,在454测序中重复序列为GGAGGGAGGGAG,两种测序方法得到的结果并不一致。其余7个SSRs模体通过2种方法得到的序列是一致的,占全部EST-SSRs的87.5%。4 讨论
药用植物多态性分子标记的研究目前相对较少,在红豆杉属中还未有报道。这显然与裸子植物的基因组序列较为庞大,伴有大量的高度重复序列 ......
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