基于高通量测序的红豆杉EST SSRs标记研究(1)
基于高通量测序的红豆杉EST SSRs标记研究,东北红豆杉,EST-SSRs标记,表达序列标签
[摘要] 目的:利用高通量测序,对红豆杉Taxus cuspidata转录组进行EST-SSRs发掘和研究。方法:提取红豆杉叶片cDNA,应用454 GS FLX Titanium测序,采用Newbler Assembler Software软件对序列 (high-quality sequences) 进行从头拼接,获得一致性序列 (unique sequences)。用Simple Sequence Repeat Identification Tool (Perl Script) 对一致性序列进行分析,检索SSRs模体;采用PRIMER3设计扩增引物。结果:高通量测序获得红豆杉81148条ESTs,经拼接得到20557条unique sequences,从中发现了753个EST-SSRs。依据其邻近序列设计引物,共有519条EST-SSRs获得了扩增引物。在红豆杉EST-SSRs中随机挑选序列构建小样本,克隆测序结果表明87.5%的序列与Sanger测序结果一致。结论:首次获得了红豆杉属EST-SSRs,为红豆杉的种质资源培育、功能基因及基因组差异研究奠定了基础 ......
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