糖蛋白中糖链的连接方式包括N-连接和O-连接，实验只采用了切除N-连接糖链的酶，若在此基础上采用适当的酶进行O-连接糖链的去除，理论上识别出的多肽数量会有进一步的增加。N连接的糖链经PNgase酶处理后将糖链切除，去除糖链后蛋白质序列上N连接的天冬酰胺(N)形成天冬氨酸(D)；此外，燕窝预处理提取过程中，蛋白质在碱性或酸性条件下高温处理易导致脱酰胺现象，包括谷氨酰胺(Q)脱酰胺形成谷氨酸(E)，天冬酰胺(N)脱酰胺形成天冬氨酸(D)，在数据处理过程中需要增加搜索参数的设置，以提高多肽识别率。质量精度是影响多肽识别率的关键因素之一，赖氨酸和谷氨酰胺相对分子质量相近，亮氨酸和异亮氨酸相对分子质量相同，因此在数据搜索过程中，过滤参数中的质量精度影响检索出的多肽序列准确度，含有特定氨基酸的多肽还需要通过二级质谱的碎片离子做进一步的序列确认 ......