数种蜥蜴亚目药用动物DNA条形码分类探讨(2)
2 结果2.1 序列特征 经同源片段比对并辅以人工校正,最后选取564 bp的COI序列进行分析。A,T,C,G 平均量分别为24.1%,29.4%,27.8%,18.7%,其中 C+G 平均量为46.5%,低于A+T 平均量(53.5%)。这与脊椎动物线粒体DNA的特点是一致的。第一密码子位点C+G 平均量最高为53.9%,第二密码子位点C+G 平均量居中为43.4%,第三密码子位点C+G 平均量最低为42.31%。在总共564 bp中,含变异位点(variable sites)305个,其中简约信息位点(parsimony,informative sites)有301个,转换位点和颠换位点比例为1.49。
2.2 种间及种内的遗传距离 应用MEGA 4.0中Kimura双参数法计算59个药用动物间COI 基因序列的种内和种间的遗传距离(表2)。可以看出,种内遗传距离最大的物种为无疣壁虎G. swihonis 7.7%,其次是疣尾蜥虎H. frenatus 4.1%,大壁虎G. gecko 2.3%,已超过Hebert所推荐的物种鉴定最小种间遗传距离2% ......
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