基于生物网络探讨防治冠心病药物作用机制(2)
本文所构建网络为二部图形式,一类节点对应化合物(小分子、复合物、酶等),另一类节点对应反应[3-4]]。本文所构建的生物网络为有向图,而在分析网络的结构特征时,可以忽略方向性而将网络视为无向图进行研究[5]。3 网络的评价
3.1 度分布与无标度性质 在网络研究中,节点的度(用 k 表示)为该节点拥有的相邻节点数目。度分布[用 P(k) 表示]为任意节点具有度数 k 的概率。本文选取Barabasi-Albert模型(简称为BA模
图3 药物作用网络模型
Fig.3 Coronary heart disease drug action network
型)[6]对网络进行评价。首先对所构建的网络进行度分布计算,再通过对幂律分布公式 P(k)~K-γ 进行log对数转换,根据线性回归方程计算得出相应的无标度特性 γ 值,当网络的 γ <3时,为无标度网络。
本文计算得到CHD疾病网络和防治CHD药物作用网络进行度分布计算(图4),结果表明所构建的网络中节点的度分布服从降幂分布 ......
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