根据测序结果，在GenBank数据库中进行BLAST比对，搜索同源序列。尽量选取同源性较高的菌株序列与所测代表性序列采用Clustal X 1.81进行多重序列对比，再利用MEGA 5.1软件进行系统发育分析，并以自展法(bootstrap)进行检测，共循环1 000次，构建邻接树。同时，采用Kimura 2-parameter model对同属的序列构建遗传距离矩阵。

    2.4内生真菌多样性及相似性分析^[14-15]分离频率是指某类真菌的总菌株数除以分离所得的所有菌株总数，即某种真菌占所有菌株的百分率。

    从属的层面上来看不同产地的内生真菌多样性指数，计算方法如下。

    Shannon-wiener多样性指数(H)：H =-ΣNi/N lnNi/Ni(其中Ni是指某种内生真菌的数目，N指内生真菌的总数目)；

    Pielou均匀度指数(E)：E= H/lnS (其中S指群落中内生真菌的总种类数)；

    Simpson指数(D)：D=1-Σ(Ni/N)2 ......