铁皮石斛Ty1copia类反转录转座子反转录酶(RT)序列

铁皮石斛Ty1copia类反转录转座子反转录酶(RT)序列的克隆与分析(3)

http://www.100md.com 2014年1月15日《中国中药杂志》 2014年第2期

     应用软件Clustal X对序列进行比对，4种不同程度的阴影部分表示序列的保守程度(黑色部分保守性为100%；深灰色部分保守性为75%；浅灰色部分保守性为50%；没有阴形部分保守性为小于50%)；X.终止密码子；·表示优化联配产生的缺口；右边的数字表示序列中氨基酸的数量。

    图2铁皮石斛Ty1-copia反转录转座子RT基因氨基酸序列比较

    Fig.2The amino sequence alignment of reverse transcriptase of Ty1-copia retrotransposons in Dendrobium officinale

    3.3铁皮石斛Ty1组反转录转座子RT序列的系统发育进化树分析

    利用MEGA5.0软件邻接法将所得的铁皮石斛43条Ty1-copia类反转录转座子RT氨基酸序列构建了相应的系统发育进化树(图3)，根据进化树branch 的长度可把这43条反转录酶序列分成了6类 ......

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