铁皮石斛Ty1copia类反转录转座子反转录酶(RT)序列

铁皮石斛Ty1copia类反转录转座子反转录酶(RT)序列的克隆与分析(1)

http://www.100md.com 2014年1月15日《中国中药杂志》 2014年第2期

铁皮石斛Ty1copia类反转录转座子反转录酶(RT)序列的克隆与分析,Ty1-copia类反转录转座子,异质性

     [摘要]该研究根据Ty1-copia类反转录转座子RT的通用引物，从铁皮石斛浙江临安(C15)和云南广南(A39)种质中扩增得到43条Ty1-copia类反转录转座子RT序列，这些核苷酸序列具有较高的异质性，主要表现为，序列长度变化范围 260～266 bp，终止密码子和移码突变，所有序列均富含碱基AT，一致性为 47.1%～97.7%。经plantCARE软件分析发现受低温、热、光、各种植物生长调节物质等不同胁迫条件作用的调控元件、多个启动子的特征结构TATA box和CAAT box的保守序列及其他一些调控元件。翻译成氨基酸后，有10条序列出现1～4个不同程度的终止密码子突变，5条序列出现移码突变，保守序列“SLYGKQ”发生变异的有 39条序列。其氨基酸序列经过系统聚类后可分为6类；且与其他植物(尤其是单子叶植物的小麦、荸荠)具有较高的同源性，表明它们间可能存在着Ty1-copia 反转录转座子的横向传递。

    [关键词]铁皮石斛；Ty1-copia类反转录转座子；反转录酶(RT)；异质性

    [收稿日期]2013-07-26

    [基金项目]浙江省重大科技专项(2012C12912 ......

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