灯盏花转录组中SSR位点信息分析及其多态性研究(2)
灯盏花转录组SSR位点的序列总长达62 794 bp,其中单核苷酸、二核苷酸、三核苷酸、四核苷酸、五核苷酸和六核苷酸重复基元的SSR位点的碱基总长分别是12 864,22 584,23 436,310,1 464 bp;SSR位点的平均长度17 bp,各类型SSR位点的平均长度分别是11,18,21,22,26,36 bp(表2)。2.2灯盏花转录组SSR的特性 灯盏花转录组SSR种类丰富,一至六核苷酸重复类型都能看到,但各类型出现频率不同,主要是一至三核苷酸重复,占总SSR的95.86%,其中二核苷酸重复最多,占34.41%,其次是单核苷酸和三核苷酸重复类型,分别占31.41%,30.04%,四、五和六核苷酸重复类型的数量很少,仅占4.15%(表3)。从重复次数来看,发现重复基元以重复10次出现的频率最高,有761个,占总SSRs的20.91%,其次是重复7次、6次和8次,分别有698,620,386个SSR,分别占总SSR的19.18%,17.04% ......
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