2.3 数据处理 运用CodonCode Aligner软件进行测序峰图校对和序列拼接，采用基于隐马尔科夫模型的HMMer注释方法去除5.8S rRNA和28S rRNA区^[25]，获得完整的ITS2序列。然后，应用相似性搜索法(BlastN)进行序列比对分析，MEGA5.1中的K2P(Kimura 2-parameter，K2P)模型进行遗传距离分析，邻接(NJ)法构建分子系统进化树^[26]。

    3 结果

    3.1 鸡蛋花及其混伪品的ITS2序列信息 本研究共涉及ITS2序列50条，包括鸡蛋花20条，木棉10条，凌霄8条，美洲凌霄7条，鸡冠刺桐3条和硬骨凌霄2条，分析其ITS2序列长度、GC含量及种内变异位点(表2)。鸡蛋花不同来源20份样本的ITS2序列长度均为244 bp，种内存在5个变异位点，位置分别为28，34，48，83，84 bp处，分为6种单倍型，依照序列条数的多少依次命名为H1～H6 (haplotype1～6) ......