TRPV1离子通道与中药辛味药性的关系研究(2)
1.3 药效团模型的构建 构象分析:采用Best quality conformer generation模块对所有化合物分子构象进行能量优化,能量阈值设定为20 kcal·mol-1,计算所有训练集化合物的多个构象,最大构象数设为255个?药效特征的选择:利用基于Feature Mapping模块集成的方法识别训练集分子药效特征,选择6个训练集分子共有的药效团来构建模型,包括氢键受体(hydrogen bond acceptor,HBA),氢键给体(hydrogen bond donor,HBD),疏水基团(hydrophobicHydrophobic region,HY),芳香环(ring aromatic,RA)?这些药效团特征可以表征配体与受体结合所发生的氢键和疏水相互作用?
药效团模型的构建与评价:对训练集化合物多个构象进行叠合,抽象出训练集化合物所共有的药效团特征及三维空间限制?最小药效特征数(minimum features)设定为3,最大药效特征数(maximum features)设定为10 ......
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