取3 μL荧光标记PCR产物，ABI 3730XL测序仪中进行片段大小分析，以建立ARISA指纹图谱。每个PCR产物在毛细管电泳分析前，加入1 μL片段大小介于250～1 150 bp 的ROX标记DNA大小标准(Bioventures， USA)。

    1.2.3指纹图谱原始数据加工与分析 首先采用GeneMarker软件(SoftGenetics， USA)对毛细管电泳获得的ARISA指纹图谱中片段分布及其荧光强度进行初步分析，以Excel表格形式输出结果。在Excel中，参照文献报道方法完成数据的后续分析^[11]。即假定每一DNA片段代表1个细菌类群，即操作分类单元(operational taxonomic unit， OTU)，相应条带荧光强度占总OTUs荧光强度百分比代表该OTU在菌群的相对丰度。单一样本2次重复中均可以检测到的OTUs及其相对丰度数据，用于后续分析。需要补充的是，除核心OTUs分析时所用数据为相对丰度≥0.02%的OTUs外，其余分析时所用OTUs相对丰度均≥0.1%。

    将Excel表中最终获得的OTUs及其相对丰度数据导入paleontological statistics (PAST)软件包 ......