目前转基因植物的安全性问题主要集中在2个方面，一个是环境安全性，另一个是食品安全性。由于药用植物不同于农作物、蔬菜等，因此其转基因安全性评价也应有所不同。首先，在环境安全性方面，由于药用植物冠瘿瘤组织和毛状根均在可控的条件下进行培养，因此不涉及转基因材料作为一个新物种进入生态系统可能对生态平衡产生负面效应的情况。在食品安全性方面，由于一般药用植物的生产仅用于提取有效部位或成分，或者单独作为一味药物来使用，因此除了那些药食同源的药用植物以外，其他可考虑纳入药品的安全性管理体系进行评价和管理。重新评价药物有效性和安全性是转基因药用植物安全性评价的核心内容，但由于大多数中药有效成分和疗效机制不明确，转基因药用植物的药效评价问题成为关键难点问题。

    2.3 规模化生产过程中培养条件的优化需重视 愈伤组织诱导、细胞培养、芽分化、继代、生根是药用植物组织培养的主要步骤，严格控制组织培养过程中培养基的各营养成分用量以及激素浓度和配比是保证药用植物大规模生产成功的关键。在培养程序建立之后，遵循植物生长规律对细胞、组织的生长发育进行改进，如通过改变光质来调节外植体的脱分化、再分化以及有用代谢物的产生；配制培养基时采用适合于植物生长的pH；寻找新的碳源代替糖类 ......