丹参类贝壳杉烯氧化酶(SmKOL)基因全长克隆及其生物信息学分析(2)
2.3 SmKOL基因的生物信息学分析 将SmKOL序列在NCBI (http://www.ncbi.nlm.nih.gov)通过BLAST搜索蛋白质和核苷酸数据库,并由DNAMAN软件翻译成氨基酸序列,使用ORF Finder (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/gorf/gorf.html)查找开放阅读框(ORF)。生物信息学分析主要采用一些网上软件包进行分析,如采用Interpro (http://www.ebi.ac.uk/tools/interproscan)进行结构域比对,ExPASy在线服务器的Compute pI/Mw工具(http://web.expasy.org/compute_pi/)预测相对分子质量与理论等电点,TargetP1.1 server (http: //www.cbs.dtu. dk /serv- ices/targetP/)进行信号肽分析 ......
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