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编号:12635489
利用DGGE和454测序研究不同浙贝母种源对根际土壤真菌群落的影响(2)
http://www.100md.com 2014年11月15日 中国中药杂志 2014年第22期
     利用DGGE电泳仪(DcodeTM,BIO-RAD)分离PCR产物,制备变性梯度胶,使其变性梯度为30%~60%,电泳缓冲液为1×TAE,电泳所用条件为电压160 V,温度60 ℃,时间6.5 h。DGGE胶用SYBR-green I染色30 min,将染色后的凝胶用凝胶成像系统(Gel Doc 2000,BIO-RAD)分析并拍照。将获得的主要条带进行分子克隆测序,序列结果通过Blast程序与GenBank中核酸数据进行同源性比对来得出菌群的种类。

    1.3454焦磷酸测序PCR扩增产物的纯化之后,连接A&B接头,使用磁珠筛选去除接头自连片段,进行片段筛选,保留一端是A接头、一端是B接头的片段,利用氢氧化钠变性,产生单链DNA片段。将DNA片段和捕获磁珠混合,剧烈震荡产生油包水环境,DNA片段在油包水环境中PCR扩增(EmPCR),破油并富集有效扩增磁珠。DNA扩增产物浓度用Quant-iT PicoGreen dsDNA试剂盒进行检测。取1 μL纯化的PCR产物在250 μL微细胞瓶进行分析。用TBS-380 微型荧光计进行荧光检测 ......
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