SWISS-MODE同源建模法构建的27个AeERFs蛋白空间模型基本相似，且均和其预测的二级结构吻合。以Unigene27631为例，构建其三级结构模型：Unigene27631蛋白质无规则卷曲长度最长，α螺旋、延伸链和β转角长度较短，该模型的QMEAN4值为-2.06，表明该空间结构较为稳定[35]。

    将27个AeERFs蛋白序列提交至MEME数据库，发现以紫草ERF基因gi261363612做参照，有22个AeERFs蛋白具有3个保守域：Motif 1，Motif 2，Motif 3，有2个蛋白只有Motif 1，Motif 2，有3个蛋白仅有保守域Motif 1。Motif 1的保守序列为x[KR][KH][YF] RGVR[RQ]RPWGK[WFY][AV]AEIRDP，期望值为5.8e-439;Motif 2的保守序列为[RK]K[GR] [AT]R[LV]WLGT[FY][ED]TAEEAA[LR]AYD[RK]AA[FLY][RK][LI][RK]GSKA[KL]L，期望值为9.7e-439;Motif 3的保守序列为NFPH[LE][VI]G ......